Paket: abyss (2.3.5+dfsg-2)

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Paralleler De-novo-Sequenzassembler für »short reads«

ABySS ist ein paralleler De-novo-Sequenzassembler, der für short reads ausgelegt ist. Er kann verwendet werden, um Genom- oder Transkriptomsequenzdaten zusammenzustellen. Die Parallelisierung erfolgt über MPI, OpenMP und pthread.

Markierungen: Feld: Biologie, Implementiert in: C, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, Rolle: Programm

Andere Pakete mit Bezug zu abyss

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: bsdextrautils

Zusätzliche Dienstprogramme von 4.4BSD-Lite
dep: libc6 (>= 2.34)

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nicht ppc64el]

GCC Support-Bibliothek

dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]
dep: libgomp1 (>= 4.9)

Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)
dep: libopenmpi3 (>= 4.1.4)

Leistungsstarke Message-Passing-Bibliothek - Laufzeitbibliotheken
dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9)

Laufzeit-Bibliothek für SQLite 3
dep: libstdc++6 (>= 12)

GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)
dep: make

Werkzeug zur Steuerung der Kompilierung
dep: openmpi-bin

Leistungsstarke Message-Passing-Bibliothek - Programmdateien
dep: openmpi-common

Leistungsstarke Message-Passing-Bibliothek - gemeinsame Dateien
dep: perl

Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

abyss herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	3.116,2 kB	9.583,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	2.893,9 kB	10.163,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	3.024,1 kB	12.629,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	3.078,8 kB	12.339,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	2.894,7 kB	9.611,0 kB	[Liste der Dateien]