Package: reapr (1.0.18+dfsg-6)

Links for reapr

Debian Resources:

Download Source Package reapr:

Maintainers:

External Resources:

Homepage [www.sanger.ac.uk]

Similar packages:

Universielt værktøj for genomsamlingsevaluering

REAPR er et værktøj som evaluerer præcisionen for en genomsamling, der bruger oversatte parrede slutlæsninger, uden brug af et referencegenom til sammenligning. Værktøjet kan bruges i alle trin af en samlingskanal til automatisk at bryde ukorrekte stilladser og flage andre fejl i en samling for manuel inspektion. Værktøjet rapporterer fejlsamlinger og andre advarsler og fremstiller en ny ødelagt samling baseret på fejlkald.

Programmet kræver som inddata en samling i FASTA-format og parrede læsninger oversat til samlingen i en BAM-fil. Oversættelsesinformation såsom fragmentdækning og distribution af indsættelsestørrelse analyseres for at finde fejlsamlinger. REAPR fungerer bedst med oversatte læste par fra et stort indsættelsesbibliotek (mindst 1000bp). Derudover hvis et kort indsættelsesbibliotek for Illumina også er tilgængeligt, kan REAPR kombinere disse med det store indsættelsesbibliotek for at bedømme hver base af samlingen.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, User Interface: Command Line, Role: role::program, works-with::biological-sequence

Other Packages Related to reapr

depends

recommends

suggests

enhances

dep: bamtools

Værktøjssæt for manipulering af BAM-filer - sammenligning af arvemasser
dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)

Dynamisk bibliotek til at manipulere BAM-filer (genomsammenligning)
dep: libc6 (>= 2.34)

GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
dep: libfile-copy-link-perl

Perludvidelse til erstatning af en henvisning med en kopi af den henviste fil
dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

GCC støttebibliotek
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

GNU Standard C++ bibliotek v3
dep: libtabixpp0t64 (>= 1.0.0)

C++ wrapper to tabix indexer
dep: r-base

GNU R statistisk beregning og grafiksystem
dep: samtools

Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater
dep: smalt

Værktøj til sekvensoversættelse og sammenligning
dep: snpomatic

Hurtig, stringent kort-læsning oversættelsesprogram
dep: tabix

Generisk indeksprogram for TAB-afgrænsede arvemassepositionsfiler

Download reapr

Download for all available architectures
Architecture	Package Size	Installed Size	Files
armhf	170.8 kB	643.0 kB	[list of files]