Package: python-pyvcf-examples (0.6.8+git20170215.476169c-10)

Eksempeldata for Variant Call Format-fortolkeren (VCF) for Python

Variant Call Format (VCF) specificerer formatet for en tekstfil brugt i bioinformatik for lagring af gensekvensvariationer. Formatet er blevet udviklet med fremkomsten af genotyping i stor skala og DNA-sekventeringsprojekter, såsom 1.000 genomer-projektet.

Formålet med denne pakke er at efterligne modulet »csv« i Pythons standardbibliotek, modsat de mere fleksible serialiseringsformater såsom JSON eller YAML. »Vcf« vil forsøge at fortolke indholdet af hver post baseret på datatyperne specificeret i metainformationslinjerne - specifikt linjerne ##INFO og ##FORMAT. Hvis disse linjer mangler eller er ufuldstændige, så vil der kontrolleres mod de reserverede typer nævnt i specifikationen. Hvis det fejler, så vil det bare returnere strenge.

Denne pakke tilbyder eksempler på data til at teste Pythonmodulerne.

This page is also available in the following languages (How to set the default document language):