Package: discosnp (1:2.6.2-3 and others)

Links for discosnp

Debian Resources:

Download Source Package discosnp:

Maintainers:

Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
Olivier Sallou (QA Page)
Andreas Tille (QA Page)

External Resources:

Homepage [colibread.inria.fr]

Similar packages:

Find enkel nukleotidpolymorfisme fra rå læsning af sæt

Software discoSnp er designet til at opdage Single Nukleotid Polymorfi (SNP) fra rå læsning af sæt indhentet med Next Generation Sequencers (NGS).

Bemærk at antallet af læsesæt ikke er begrænset, det kan være en, to, eller mere. Bemærk også, at ingen andre oplysninger som reference arvemasse eller anmærkninger er nødvendige.

Programmet består af to moduler. Første modul, kissnp2, detekterer SNP'er fra læst sæt. Et andet modul, kissreads, forbedrer kissnp2- resultater ved at beregne per læst sæt og for hvert fundet SNP:

 1) dets middel læsedækning
 2) (Phred) kvaliteten af læsninger oprettet af polymorfismen.

Dette program efterfølges af DiscoSnp++.

Other Packages Related to discosnp

depends

recommends

suggests

enhances

dep: gatb-core

Genomanalyseværktøjskasse med de-Bruijn-graf
dep: libc6 (>= 2.34)

GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2)

Dynamisk bibliotek for Genome Analysis Toolbox
dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

GCC støttebibliotek
dep: libhdf5-103-1t64

HDF5 C-kørselstidsfiler - seriel version
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

GNU Standard C++ bibliotek v3
dep: python3

Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3
dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

Komprimeringsbibliotek - kørselstid

Download discosnp

Download for all available architectures
Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1:2.6.2-3+b1	1,421.7 kB	2,904.0 kB	[list of files]