Package: chimeraslayer (20101212+dfsg1-6)

Detekterer sandsynlige kimærer i PCR-amplificeret DNA

ChimeraSlayer er et kimære sekvensafsløringsredskab, kompatibelt med Sanger-sekvenser i næsten fuld længde og kortere 454-FLX-sekvenser (~500bp).

Chimera Slayer omfatter følgende række trin, der opererer til flag kimære 16S rRNA-sekvenser:

 1. Enderne af en forespørgselssekvens søges mod inkluderet database
    af reference kimære-frie 16S-sekvenser for at identificere potentielle
    forældre til en kimære
 2. Kandidatforældre til en kimære er valgt som de, der danner en
    forgrenet bedste point-tilpasning til den NAST-formaterede
    forespørgselssekvens
 3. NAST-tilpasningen af forespørgselssekvensen er forbedret i en
    »kimære-opmærksom« profilbaseret og ny NAST-sammenligning til de
    valgte referenceforældresekvenser
 4. En evolutionær ramme bruges til at flage forespørgselssekvenser
    som udviser større sekvenshomologi med en in silico-kimære dannet
    mellem to af de udvalgte referenceforældresekvenser

Hvis du vil køre Chimera Slayer, har du brug for NAST-formaterede sekvenser oprettet af redskabet nast-ier.

ChimeraSlayer er en del af programpakken microbiomeutil.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology

This page is also available in the following languages (How to set the default document language):