all options
buster  ] [  bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Source: sim4  ]

Package: sim4 (0.0.20121010-8 and others)

Links for sim4

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package sim4:

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

Værktøj for justering af cDNA og genomisk DNA

Sim4 er et similaritetsbaseret værktøj til at henføre en eksplicit DNA- sekvens (EST, cDNA, mRNA) til en genomisk sekvens for genet. Programmet finder også sammenføringspunkter når to inddatasekvenser overlapper i enden (dvs. når starten af en sekvens overlapper slutningen af den anden).

Sim4 bruger en blast-baseret teknik til først at bestemme de grundlæggende matchende blokke, der repræsenterer »exon-kernerne«. I det første stadie registreres alle de mulige præcise match af W-merer (dvs. DNA-ord med størrelse W) mellem de to sekvenser, de udvides til maksimalt scorende gabsfrie segmenter. I det andet stadie udvides exon-kernerne til de nærliggende, endnu ikke matchede fragmenter med brug af grådige algoritmer, og heuristik bruges til at favorisere konfigurationer som passer med genkendelsessignalerne for splejsningsstederne (GT-AG, CT-AC). Om nødvendigt gentages processen med mindre stringente parametre på de fragmenter som ikke er blevet matchet.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, use::searching, Supports Format: Need an extra tag, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Other Packages Related to sim4

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Download sim4

Download for all available architectures
Architecture Version Package Size Installed Size Files
alpha (unofficial port) 0.0.20121010-8 354.4 kB1,391.0 kB [list of files]
amd64 0.0.20121010-8 350.8 kB1,371.0 kB [list of files]
arm64 0.0.20121010-8 346.8 kB1,363.0 kB [list of files]
armel 0.0.20121010-8 346.0 kB1,362.0 kB [list of files]
armhf 0.0.20121010-8 344.3 kB1,334.0 kB [list of files]
hppa (unofficial port) 0.0.20121010-8 349.0 kB1,362.0 kB [list of files]
i386 0.0.20121010-8 353.0 kB1,378.0 kB [list of files]
ia64 (unofficial port) 0.0.20121010-8 364.7 kB1,452.0 kB [list of files]
m68k (unofficial port) 0.0.20121010-8 340.8 kB1,350.0 kB [list of files]
mips64el 0.0.20121010-8 350.1 kB1,379.0 kB [list of files]
ppc64 (unofficial port) 0.0.20121010-8 355.7 kB1,408.0 kB [list of files]
ppc64el 0.0.20121010-8 356.3 kB1,407.0 kB [list of files]
riscv64 0.0.20121010-8+b1 352.4 kB1,355.0 kB [list of files]
s390x 0.0.20121010-8 349.9 kB1,375.0 kB [list of files]
sh4 (unofficial port) 0.0.20121010-8 349.8 kB1,342.0 kB [list of files]
sparc64 (unofficial port) 0.0.20121010-8 345.9 kB1,369.0 kB [list of files]
x32 (unofficial port) 0.0.20121010-8 349.6 kB1,366.0 kB [list of files]