Package: seaview (1:5.0.5-2 and others)

Grænseflade til flere platforme for sekvenssammenligning og fylogeni

SeaView er en fremviser og redigeringsprogram for sammenligninger af flere sekvenser, dvs. DNA- eller proteinsekvenser placeres hver især i deres egen separate linje, så at nukleotid/amino-syren på en bestemt position (kolonne) antages at have den samme biokemiske egenskab.

SeaView læser og skriver diverse filformater (NEXUS, MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE, Newick) for DNA og proteinsekvenser og af fylogenetiske træer. Sammenligninger kan redigeres manuelt. SeaView driver programmerne Muscle eller Clustal Omega for flere sekvenssammenligninger, og giver også mulighed for at bruge alle eksterne sammenligningsalgoritmer, som kan læse og skrive FASTA-formaterede filer. Programmet beregner fylogenetiske træer og sparer på ressourcerne ved at bruge PHYLIP's dnapars/protpars-algoritmen, på afstand med NJ- eller BioNJ-algoritmer på en række evolutionære afstande, eller ved maximum likelihood via programmet PhyML 3.0.

SeaView tegner fylogenetiske træer på skærmen eller til PostScript-filer, og giver mulighed for at hente sekvenser fra EMBL/GenBank/UniProt via internettet.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, implemented-in::c++, User Interface: Command Line, interface::graphical, interface::x11, Networking: Client, Network Protocol: Need an extra tag, Role: role::program, scope::utility, Interface Toolkit: FLTK, Purpose: Need an extra tag, use::comparing, use::editing, Printing, use::viewing, works-with-format::plaintext, Works with: works-with::biological-sequence, x11::application

This page is also available in the following languages (How to set the default document language):