Package: mapsembler2 (2.2.3+dfsg-1) [debports]

Links for mapsembler2

Debian Resources:

Bug Reports

Download Source Package :

Not found

Maintainers:

External Resources:

Homepage [colibread.inria.fr]

Similar packages:

Bioinformatik målrettet programmer til samling

Mapsembler2 er et målrettet program til samling. Det bruger et datasæt af rå NGS-læsninger (fasta eller fastq, gzippet eller ej) og et datasæt af sekvenser (startere).

Det bestemmer først om hver starter er read-coherent, f.eks. om læsninger bekræfter tilstedeværelsen af hver starter i den oprindelige sekvens. For hver read-coherent-starter laver Mapsembler2 dens sekvensnaboskab som en lineær sekvens eller som en graf, afhængig af brugervalget.

Mapsembler2 kan bruges for (men ikke begrænset til):

 - Valider en samlet sekvens (inddata som starter), f.eks. fra en de
   Bruijn-grafsamling hvor read-coherence ikke blev påtvunget
 - Kontrollere om et gen (inddata som starter) har en homolog i et sæt
   af læsninger
 - Kontrollere om et kendt enzym er til stede i en metagenomisk NGS-
   læst sæt
 - Berige læsninger der ikke kan kortlægges ved at udvide dem,
   eventuelt gøre dem egnet for kortlægning
 - Kontrollere hvad der sker i ekstremiteterne af en contig
 - Fjerne forureninger eller symbiont-læsninger fra et læst sæt

Other Packages Related to mapsembler2

depends

recommends

suggests

enhances

dep: bc

GNU bc beregningssprog med arbitrær præcision
dep: libc6.1 (>= 2.8)

GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6.1-udeb
dep: libgcc1 (>= 1:4.1.1)

Package not available
dep: libgomp1 (>= 4.9)

GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)
dep: libhdf5-8

Package not available
dep: libstdc++6 (>= 4.9)

GNU Standard C++ bibliotek v3
dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4)

Komprimeringsbibliotek - kørselstid

Download mapsembler2

Download for all available architectures
Architecture	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	241.2 kB	910.0 kB	[list of files]