Package: ruby-crb-blast (0.6.9-2)

Links for ruby-crb-blast

Debian Resources:

Download Source Package ruby-crb-blast:

Maintainers:

External Resources:

Homepage [github.com]

Similar packages:

Kør betinget gensidig bedste BLAST

CRB-BLAST er en ny metode til at finde orthologer mellem et sæt af sekvenser og et andet. Dette er specielt nyttigt i genom og transkriptom-annotering.

CRB-BLAST udfører først en standard gensidig bedste BLAST. Det gøres ved at udføre BLAST-sammenligninger af forespørgsel->mål og mål->forespørgsel. Gensidig bedste BLAST-træffere er dem hvor det bedste match for enhver given forespørgselssekvens i forespørgsel->mål-sammenligninger også er det bedste træf for matchningen i omvendt (mål->forespørgsel) sammenligning.

Gensidig bedste BLAST er en meget konservativ måde at tilde orthologer. Hovedopfindelsen i CRB-BLAST er at lære en passende e-værdi-udskæring til anvendelse på hver parvis sammenligning ved at bruge det generelle slægtskab for de to datasæt under sammenligning. Dette gøres ved at tilpasse en funktion til distributionen af e-værdier for sammenligningen over sekvenslængder. Funktionen tilbyder en e-værdi-udskæring for en sekvens med en given længde.

Other Packages Related to ruby-crb-blast

depends

recommends

suggests

enhances

dep: ncbi-blast+

Næste generation programpakke for BLAST-sekvens søgeværktøjer
dep: ruby

Fortolker af det objektorienterede skriptsprog Ruby - standardversion

or ruby-interpreter

Package not available
dep: ruby-bio

Ruby-værktøjer til beregningsmolekylær biologi
dep: ruby-fixwhich

ruby module that emulates the 'which' program
dep: ruby-threach

Trådet each
dep: ruby-trollop (>= 2.0)

Bibliotek for parameterbehandling på kommandolinjen

Download ruby-crb-blast

Download for all available architectures
Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	11.3 kB	51.0 kB	[list of files]