Package: r-cran-shazam (0.1.11-1)

Links for r-cran-shazam

Debian Resources:

Download Source Package r-cran-shazam:

Maintainers:

External Resources:

Homepage [cran.r-project.org]

Similar packages:

Immunoglobulin somatisk hypermutationsanalyse

Denne pakke tilbyder en beregningsramme for bayesiansk estimering af antigen-drevet valg i immunglobulin-sekvenser (Ig), der tilbyder en intuitiv måde at analysere valg ved at kvantificere graden af selektiv pres. Tilbyder også værktøjer til at profilere mutationer i Ig-sekvenser, bygge modeller med somatisk hypermutation (SHM) i Qg-sekvenser og fremstille modelafhængige afstandssammenligninger af Ig-arkiver.

SHazaM er en del af analyserammen Immacantation for Adaptive Immune Receptor Repertoire-sekventering (AIRR-seq) og tilbyder værktøjer for avanceret analyse af somatisk hypermutation (SHM) i immunoglobulin-sekvenser (Ig). Shazam fokuserer på de følgende analyseemner:

 * Kvantifikation af mutational indlæsning
 * Statistiske modeller for SHM-målrettede mønstre
 * Analyse af valgpres via BASELINe
 * Modelafhængig afstandsberegninger

Other Packages Related to r-cran-shazam

depends

recommends

suggests

enhances

dep: r-api-3.5

virtual package provided by r-base-core
dep: r-base-core (>= 3.5.2-1)

GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem
dep: r-cran-alakazam (>= 0.2.11)

Immunoglobulin Clonal Lineage og Diversity Analysis
dep: r-cran-ape

GNU R-pakke for Analyses of Phylogenetics and Evolution
dep: r-cran-diptest

Hartigan's Dip Test Statistic for Unimodality - korrigeret
dep: r-cran-doparallel

GNU R-foreach parallel adapter til parallel pakke
dep: r-cran-dplyr (>= 0.5.0)

GNU R-grammatik for datamanipulering
dep: r-cran-foreach

GNU R - looping-understøttelse for foreach
dep: r-cran-ggplot2 (>= 2.0.0)

Implementering af Grammar of Graphics
dep: r-cran-igraph

GNU R-netværksanalyse og visualisering
dep: r-cran-iterators

GNU R-iteratorunderstøttelse for vektorer, lister og andre containere
dep: r-cran-kedd

Kernel Estimator+Bandwidth Selection - Density+Derivatives
dep: r-cran-kernsmooth

GNU R-pakke for kerneblødgørelse og tæthedsestimering
dep: r-cran-lazyeval

GNU R lazy (ikkestandard) evaluering
dep: r-cran-mass

GNU R-pakke med Venables og Ripleys MASS
dep: r-cran-progress

GNU R - statusbjælker for terminalen
dep: r-cran-scales

Skaler funktioner for visualisering
dep: r-cran-sdmtools

Species Distribution Modelling Tools
dep: r-cran-seqinr

GNU R-biologiske sekvenser - indhentelse og analyse
dep: r-cran-stringi (>= 1.1.3)

GNU R- faciliteter til behandling af tegnstrenge
dep: r-cran-tidyr

GNU R-pakke til nemt at rydde op i data

sug: r-cran-knitr

GNU R-pakke for dynamisk rapportoprettelse via Literate Programming
sug: r-cran-rmarkdown

convert R markdown documents into a variety of formats
sug: r-cran-testthat

GNU R-testpakke

Download r-cran-shazam

Download for all available architectures
Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	2,009.2 kB	2,726.0 kB	[list of files]