Package: t-coffee (12.00.7fb08c2-4)

Links for t-coffee

Debian Resources:

Download Source Package t-coffee:

Maintainers:

External Resources:

Homepage [www.tcoffee.org]

Similar packages:

Flersekvensjustering

T-Coffee er en pakke for flersekvensjustering. Givet et sæt af sekvenser (proteiner eller DNA) opretter T-Coffee en flersekvensjustering. Version 2.00 og højere kan mikse sekvenser og strukturer.

T-Coffee tillader kombinationen af flere/parvise, globale eller lokale justeringer i en enkel model. Programmet kan også estimere konsistensniveauet for hver placering i den nye justering med resten af justeringen. Se pre-print for yderligere information.

T-Coffee har en variant kaldet M-Coffee som gør det muligt at kombinere uddata af mange flersekvensjusteringspakker. I sin udgivet version bruger den MUSCLE, PROBCONS, POA, DiAlign-TS, MAFFT, Clustal W, PCMA og T-Coffee. En speciel version er blevet lavet for Debian, DM-Coffee, som kun bruger frie programmer ved at erstatte Clustal W med Kalign. Brug af 8 Methods for M-Coffee kan undertiden være ret tungt. Du kan bruge et undersæt af dine favoritmetoder, hvis du foretrækker dette.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::analysing, use::comparing, Supports Format: Need an extra tag, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Other Packages Related to t-coffee

depends

recommends

suggests

enhances

dep: libc6 (>= 2.27)

GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

GCC støttebibliotek
dep: libstdc++6 (>= 4.1.1)

GNU Standard C++ bibliotek v3

rec: amap-align

Proteinflerjustering af sekvensudglødning
rec: clustalo

Alment sekvenssammenligningsprogram for proteiner
rec: clustalw

Global nukleotid eller peptid sekvensjustering
rec: dialign-tx

Segmentbaseret flersekvensjustering
rec: fsa

Hurtig statistisk sammenligning af protein-, RNA- eller DNA-sekvenser
rec: kalign

Global og progressiv flersekvensjustering
rec: libsoap-lite-perl

Perlimplementering af en SOAP-klient og -server
rec: libxml-simple-perl

Perlmodul for læsning og skrivning af XML
rec: mafft

Program til justering af flere aminosyrer eller nukleotide sekvenser
rec: muscle

Flerjusteringsprogram for proteinsekvenser
rec: mustang

Strukturel justering på flere måder af proteiner
rec: ncbi-blast+

Næste generation programpakke for BLAST-sekvens søgeværktøjer
rec: poa

Partial Order Alignment for flere sekvenssammenligninger
rec: prank

Probabilistic Alignment Kit for DNA, codon and amino-acid sequences
rec: probcons

Flersekvens-sammenstilling baseret på probabilistisk konsistens (PROBabilistic CONSistency)
rec: proda

multi-sammenligning af protein-sekvenser
rec: tm-align

Strukturel sammenligning af proteiner

sug: boxshade

Pæn udskrift af flere sekvensersammenstillinger
sug: seaview

Grænseflade til flere platforme for sekvenssammenligning og fylogeni
sug: t-coffee-examples

Annoterede eksempler for brug af T-Coffee

Download t-coffee

Download for all available architectures
Architecture	Package Size	Installed Size	Files
arm64	1,384.2 kB	7,313.0 kB	[list of files]