Package: gff2aplot (2.0-11)

Parvise justeringsplot for arvemassesekvenser i PostScript

Et program til at visualisere tilpasningen af to arvemassesekvenser sammen med deres anmærkninger. Fra GFF-formaterede inddatafiler fremstilles PostScript-figurer for den opstilling. Den følgende menu viser mange af funktionerne i gff2aplot:

 * Omfattende tilpasningsplot for alle GFF-funktioner. Attributter
   defineres separat, så du kan kun ændre overordnede attributter
   for en given fil eller dele samme tilpasning på tværs af
   forskellige datasæt.
 * Alle parametre er som standard indstillet i programmet, men det
   kan også være fuldt konfigureret via gff2ps-lignende fleksible
   tilpasningsfiler. Programmet kan håndtere flere af disse
   filer, der sammenfatter alle indstillinger, før de fremstiller
   det tilsvarende tal. Desuden kan alle tilpasningsparametre
   indstilles via kommandolinjeparametre, som giver brugerne
   mulighed for at lege med de parametre, før du tilføjer noget
   til en tilpasset fil.
 * Kilderækkefølgen er taget fra inddatafiler, hvis du bytter
   filrækkefølge, kan du visualisere tilpasning og dens annotation
   med det nye inddataarrangement.
 * Alle justeringsbedømmelserne kan visualiseres i en PiP-boks nedenfor
   gff2aplot-området, via en grå-farve-skala, brugerdefineret farveskala
   eller bedømmelsesafhængige farveovergange.
 * Skalerbare skrifttyper, som også kan vælges blandt de grundlæggende
   PostScript-standardskrifter. Funktion- og gruppeetiketter kan drejes
   for at forbedre læsbarheden i begge annotationsakser.
 * Programmet er stadig defineret som et Unix-filter, så det kan
   håndtere data fra filer, omadresseringer og datakanaler, skrive
   resultatet til standardud og advarsler til standardfejl.
 * Gff2aplot er i stand til at håndtere mange fysiske sideformater
   (fra A0 til A10, og flere -see tilgængelige sidestørrelser i sin
   manual-), inklusive brugerdefinerede. Dette giver mulighed for
   at oprette arvemassekort i plakatstørrelse, enten i portræt eller
   landskab.
 * Du kan tegne forskellige justeringer på samme tilpasningsplot og
   skelne dem ved hjælp af forskellige farver for hver.
 * Formordbogen er blevet udvidet, således at yderligere formfigurer
   er til rådighed (se vejledning).
 * Annotation af fremskrivninger gennem tilpasningsplot (såkaldte bånd)
   emulerer gennemsigtighed via komplementære farveudfyldningsmønstre.
   Denne funktion gør det muligt at vise farvede pseudo-blandinger, når
   vandrette og lodrette bånd overlapper hinanden.

Tags: Software Development: Perl Development, Libraries, Field: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implemented in: C, implemented-in::perl, interface::commandline, User Interface: Command Shell, Role: role::devel-lib, role::program, Scope: Utility, Purpose: Data Conversion, use::viewing, works-with-format::plaintext, Supports Format: works-with-format::postscript, works-with::TODO, Works with: Image, works-with::image:vector, works-with::text

This page is also available in the following languages (How to set the default document language):