Package: fitgcp (0.0.20150429-2)

Tilpasning af arvemasse-dækningsdistributioner med blandingsmodeller

Arvemassedækning, antallet af sekventeringslæsninger oversat til en position i et genom, er en indsigtsfuld indikator for uregelmæssigheder i sekventeringsforsøg. Mens den gennemsnitlige genomdækning ofte anvendes inden for algoritmer i beregningsmæssig genomik, er de fuldstændige oplysninger til rådighed i dækningsprofiler (d.v.s. histogrammer over alle dækningsområder) i øjeblikket ikke udnyttet fuldt ud. Bias såsom fragmenteret eller fejlagtigt henviste genomer bliver derfor ikke indregnet. At gøre denne oplysning tilgængelig kan forbedre kvaliteten af sekventeringseksperimenter og kvantitative analyser.

fitGCP er en ramme for montering af blandinger af sandsynlighedsfordelinger for genom-dækningsprofiler. Udover almindeligt anvendte distributioner, bruger fitGCP distributioner skræddersyet til at redegøre for de fælles artefakter. Blandingsmodeller er iterativt tilpasset baseret på Expectation-Maximization-algoritmen.

This page is also available in the following languages (How to set the default document language):