Package: seer (1.1.4-5)
Links for seer
Debian Resources:
Download Source Package seer:
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [github.com]
Similar packages:
Genomisk sekvenselementberigelsesanalyse (kmer)
Bakteriegener varierer meget, hvad angår både genindhold og gensekvens - denne plasticitet hæmmer brugen af traditionelle SNP-baserede metoder til identifikation af alle genetiske associationer med fænotypiske variation. SEER tilbyder en beregnet skalerbar og bredt gældende statistiskmetode til identifikation af sekvenselementer, der er væsentligt beriget i en fænotype af interesse. SEER gælder for selv titusindvis af genomer ved at tælle variabel-længde k-mers ved hjælp af en distribueret streng-mining algoritme. Robuste indstillinger tilbydes for associationsanalyse, der også korrigerer for klonal populationsstruktur af bakterier. Brug af store samlinger af genomer af det store humane patogen Streptococcus pneumoniae, SEER identificerer relevante tidligere karakteriserede resistensdeterminanter for flere antibiotika.
Other Packages Related to seer
|
|
|
|
-
- dep: libarmadillo10 (>= 1:10.1.2+dfsg)
- streamlined C++ linear algebra library
-
- dep: libblas3
- Grundlæggende reference-implementeringer til lineær algebra, delt bibliotek
- or libblas.so.3
- virtual package provided by libatlas3-base, libblas3, libblis3-openmp, libblis3-pthread, libblis3-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial
-
- dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0)
- bibliotek til programindstillinger for C++
-
- dep: libc6 (>= 2.29) [not armel]
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.30) [armel]
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, s390x]
- GCC støttebibliotek
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el]
-
- dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)
- Tilbyd funktionalitet for zlib C-bibliotek i en C++-iostrøm
-
- dep: libhdf5-103-1
- HDF5 C-kørselstidsfiler - seriel version
-
- dep: libstdc++6 (>= 10.2) [armel]
- GNU Standard C++ bibliotek v3
- dep: libstdc++6 (>= 7) [armhf]
- dep: libstdc++6 (>= 9) [not armel, armhf]
-
- dep: libtext-csv-perl
- comma-separated values manipulator (using XS or PurePerl)
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- Komprimeringsbibliotek - kørselstid
-
- sug: fsm-lite
- Frekvensbaseret strengminering - lite
Download seer
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| amd64 | 1,148.7 kB | 4,834.0 kB | [list of files] |
| arm64 | 1,101.3 kB | 4,658.0 kB | [list of files] |
| armel | 1,081.1 kB | 4,637.0 kB | [list of files] |
| armhf | 1,074.1 kB | 4,169.0 kB | [list of files] |
| i386 | 1,150.8 kB | 4,829.0 kB | [list of files] |
| mips64el | 1,127.6 kB | 5,234.0 kB | [list of files] |
| mipsel | 1,110.7 kB | 5,056.0 kB | [list of files] |
| ppc64el | 1,157.2 kB | 5,282.0 kB | [list of files] |
| s390x | 1,109.2 kB | 4,902.0 kB | [list of files] |