Package: sra-toolkit (2.10.9+dfsg-2)

Links for sra-toolkit

Debian Resources:

Download Source Package sra-sdk:

Maintainers:

Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
Charles Plessy (QA Page)
Andreas Tille (QA Page)
Aaron M. Ucko (QA Page)

External Resources:

Homepage [github.com]

Similar packages:

Redskaber for NCBI Sequence Read Archive

Værktøjer til at læse SRA-arkivet, generelt ved at konvertere individuelle kørsler til et ofte anvendt format såsom fastq.

De tekstmæssige dumpere »sra-dump« og »vdb-dump« tilbydes i denne udgivelse som en hjælp til visuel inspektion. Det er sandsynligt, at den faktiske uddataformatering vil blive ændret i den nære fremtid for en mere stringent, mere formaliseret repræsentation. AFHÆNG IKKE AF UDDATAFORMATET I DENNE UDGIVELSE.

Andre værktøjer distribueret i denne pakke er:

 abi-dump, abi-load
 align-info
 bam-load
 cache-mgr
 cg-load
 copycat
 fasterq-dump
 fastq-dump, fastq-load
 helicos-load
 illumina-dump, illumina-load
 kar
 kdbmeta
 latf-load
 pacbio-load
 prefetch
 rcexplain
 remote-fuser
 sff-dump, sff-load
 sra-pileup, sra-sort, sra-stat, srapath
 srf-load
 test-sra
 vdb-config, vdb-copy, vdb-decrypt, vdb-encrypt, vdb-get, vdb-lock,
 vdb-passwd, vdb-unlock, vdb-validate

Informationen »Help« vil blive forbedret i fremtidige udgivelser og værktøjsindstillingerne vil blive standardiseret på tværs af sættet. Yderligere dokumentation vil også blive lagt på NCBI-hjemmesiden.

Værktøjsindstillinger kan ændre sig i den næste udgivelse. Version 1- værktøjsindstillinger vil forblive understøttet hvor muligt for at bevare funktionaliteten på eksisterende skripter.

Other Packages Related to sra-toolkit

depends

recommends

suggests

enhances

dep: libc6 (>= 2.29)

GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
dep: libfuse2 (>= 2.6)

Filsystem i brugerrum (bibliotek)
dep: libkdf5-2 (>= 2.10.9+dfsg)

hdf5 access to data in the INSDC Sequence Read Archives
dep: libmagic1 (>= 5.12)

Bestem typen af data i en fil via brug af »magiske« tal - bibliotek
dep: libncbi-vdb2 (>= 2.10.9+dfsg)

libraries for using data in the INSDC Sequence Read Archives
dep: libncbi-wvdb2 (>= 2.10.9+dfsg)

virtual layer update modul of ncbi-vdb library
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

GNU Standard C++ bibliotek v3
dep: libxml2 (>= 2.7.4)

XML-bibliotek til GNOME
dep: zlib1g (>= 1:1.2.2)

Komprimeringsbibliotek - kørselstid

rec: med-config (>= 2.1)

Debian Med - generel konfigurationspakke

Download sra-toolkit

Download for all available architectures
Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	5,056.6 kB	10,056.0 kB	[list of files]