Package: paleomix (1.3.2-1)
Links for paleomix
Debian Resources:
Download Source Package paleomix:
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [geogenetics.ku.dk]
Similar packages:
Datakanaler og værktøjer til at behandle ældre og moderne HTS-data
PALEOMIX-datakanaler er et sæt af datakanaler og værktøjer designet til at hjælpe med hurtig behandling af HTS-data (High-Throughput Sequencing): BAM-datakanalen behandler de-multipleksede læsninger fra en eller flere prøver, gennem sekvensbehandling og sammenligning for at oprette BAM-sammenligningsfiler, der er nyttige i downstream-analyser; den fylogenetiske datakanal udfører genbestemmelse og filogenetisk inferens på BAM-sammenligningsfiler, enten fremstillet ved hjælp af BAM-datakanalen eller oprettet andetsteds; og Zonkey-datakanalen udfører en række analyser på lavt dækkede equine-sammenligninger for at registrere tilstedeværelsen af F1-hybrider i arkæologiske samlinger. Derudover hjælper PALEOMIX med metagenomisk analyse af ekstrakterne.
Datakanalerne er designet med gammelt DNA (aDNA) i tankerne, og inkluderer adskillige funktioner, der er specielt nyttige til analyser af gamle prøver, men kan alle også være til behandling af moderne prøver, for at sikre ensartet databehandling.
Other Packages Related to paleomix
|
|
|
|
-
- dep: adapterremoval
- Hurtig adaptertrimming, identifikation og læsesammenføjning af gensekvenser
-
- dep: bcftools
- Genomisk variantkald og manipulering af VCF/BCF-filer
-
- dep: bedtools
- Programpakke med redskaber for sammenligning af arvemassefunktioner
-
- dep: bowtie2
- Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner
-
- dep: bwa
- Burrows-Wheeler Aligner (sekvenssammenligner)
-
- dep: examl
- Exascale Maximum Likelihood-kode (ExaML) for fylogenetisk følgeslutning
-
- dep: mafft
- Program til justering af flere aminosyrer eller nukleotide sekvenser
-
- dep: mapdamage
- tracking and quantifying damage patterns in ancient DNA sequences
-
- dep: phylip
- Programpakke for udledning af fylogenier
-
- dep: picard-tools
- Kommandolinjeværktøjer til at manipulere SAM- og BAM-filer
-
- dep: python3
- Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3
-
- dep: python3-coloredlogs
- Farvelagt terminal for Python 3's logningsmodul
-
- dep: python3-configargparse
- Erstatning for argparse med konfigurationsfiler og miljøvariabler - Python 3
-
- dep: python3-pysam
- Grænseflade for SAM/BAM-sekvenssammenligning og oversættelsesformatet - Python 3
-
- dep: python3-ruamel.yaml
- Roundtrip YAML-fortolker/udsender - Python 3-modul
-
- dep: python3-setproctitle
- Setproctitle-implementering for Python 3
-
- dep: r-base-core
- GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem
-
- dep: radiant
- Udforsk hierarkiske metagenomdata med lagkagediagrammer
-
- dep: raxml
- Randomized Axelerated Maximum Likelihood for pylogenetiske træer
-
- dep: samtools
- Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater
Download paleomix
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| amd64 | 959.5 kB | 2,003.0 kB | [list of files] |
| arm64 | 959.5 kB | 2,003.0 kB | [list of files] |
| mips64el | 959.5 kB | 2,003.0 kB | [list of files] |
| ppc64el | 959.5 kB | 2,003.0 kB | [list of files] |