Package: hhsuite (3.3.0+ds-4 and others)

Links for hhsuite

Debian Resources:

Download Source Package hhsuite:

Maintainers:

Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
Laszlo Kajan (QA Page)
Andreas Tille (QA Page)
Sascha Steinbiss (QA Page)

External Resources:

Homepage [toolkit.tuebingen.mpg.de]

Similar packages:

Sensitiv proteinsekvenssøgning baseret på HMM-HMM-sammenligning

HH-suite er en programpakke, udviklet i åben kildekode, for sensitiv proteinsekvenssøgning baseret på parvis sammenligning af skjulte Markov-modeller (HMM'er).

Denne pakke indeholder HHsearch og HHblits blandt andre programmer og redskaber.

HHsearch bruger som inddata flere sekvenssammenligninger (MSA) eller profil-HMM og søger i en database med HMM'er (f.eks. PDB, Pfam eller InterPro) for homologe proteriner. HHserarch bruges ofte for proteinstrukturforudsigelse til at detektere homologe skabeloner og til at bygge meget præcise forespørgsels-skabelon parvise sammenligninger for homolog modellering.

HHblits kan bygge højkvalitets MSA'er der starter fra enkelte sekvenser eller fra MSA'er. Den transformerer disse til en forespørgsels-HMM og via en iterativ søgningsstrategi tilføjes signifikant lignende sekvenser fra den forrige søgning til den opdaterede forespørgsels-HMM for den næste søgeiteration. Sammenlignet med PSI-BLAST er HHblits hurtigere, op til dobbelt så sensitiv og programmet laver mere præcise sammenligninger.

Other Packages Related to hhsuite

depends

recommends

suggests

enhances

dep: hhsuite-data (= 3.3.0+ds-4)

Sensitiv protein-sekvenssøgning baseret på HMM-HMM-justering - data
dep: libc6 (>= 2.29)

GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, ppc64el]

GCC støttebibliotek

dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
dep: libgomp1 (>= 6)

GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)
dep: libstdc++6 (>= 9)

GNU Standard C++ bibliotek v3
dep: perl

Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)
dep: python3

Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

Download hhsuite

Download for all available architectures
Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	3.3.0+ds-4+b3	53,410.1 kB	463,000.0 kB	[list of files]
arm64	3.3.0+ds-4+b3	10,089.7 kB	76,655.0 kB	[list of files]
armel	3.3.0+ds-4+b3	10,080.8 kB	77,050.0 kB	[list of files]
armhf	3.3.0+ds-4+b3	10,046.9 kB	75,178.0 kB	[list of files]
i386	3.3.0+ds-4+b3	71,759.6 kB	622,971.0 kB	[list of files]
mips64el	3.3.0+ds-4+b3	24,354.6 kB	95,023.0 kB	[list of files]
mipsel	3.3.0+ds-4+b3	10,072.4 kB	78,716.0 kB	[list of files]
ppc64el	3.3.0+ds-4+b3	10,277.3 kB	79,371.0 kB	[list of files]