Package: gubbins (2.4.1-4)

Links for gubbins

Debian Resources:

Download Source Package gubbins:

Maintainers:

External Resources:

Homepage [sanger-pathogens.github.io]

Similar packages:

Fylogenetisk analyse af genomsekenser

Gubbins understøtter hurtig fylogenetisk analyse af store prøver af rekombinante bakterielle hele genomsekvenser.

Gubbins (Genealogies Unbiased By recomBinations In Nucleotide Sequences) er en algoritme, der iterativt identificerer loci indeholdende forhøjede tætheder af basesubstitutioner, mens der samtidigt konstrueres en fylogeni baseret på de formodede punktmutationer uden for disse regioner. Simuleringer der påviser algoritmen frembringer meget præcise rekonstruktioner under realistiske modeller af kortsigtet bakteriel evolution, og kan køres i kun et par timer på justeringer af hundreder af bakterielle genomsekvenser.

Other Packages Related to gubbins

depends

recommends

suggests

enhances

dep: libc6 (>= 2.29)

GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
dep: python3

Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3
dep: python3-biopython

Python 3-bibliotek for bioinformatik
dep: python3-dendropy

DendroPy Phylogenetic Computing Library - Python 3
dep: raxml

Randomized Axelerated Maximum Likelihood for pylogenetiske træer
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Komprimeringsbibliotek - kørselstid

rec: fasttree

Fylogenetiske træer fra opstillinger af nukleotid- eller proteinsekvenser
rec: iqtree

Effektivt fylogenetisk program ved maksimal sandsynlighed

Download gubbins

Download for all available architectures
Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	56.9 kB	239.0 kB	[list of files]
i386	58.0 kB	238.0 kB	[list of files]