all options
buster  ] [  bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Source: freecontact  ]

Package: freecontact (1.0.21-9)

Links for freecontact

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package freecontact:

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

Hurtig protein-kontaktprædiktor

FreeContact er en protein-kontaktrestprædiktor optimeret til hastighed. Dens indgang er en flersekvensopstilling. FreeContact kan fungere som en accelereret erstatning for de offentliggjorte kontaktprædiktorer EVfold-mfDCA af DS. Marks (2011) og PSICOV af D. Jones (2011).

FreeContact accelereres af en kombination af vektorinstruktioner, flere tråde og hurtigere gennemførelse af centrale dele. Afhængig af opstillingen er 8-fold eller højere hastighedsforøgelser mulige.

En tilstrækkelig stor tilpasning er påkrævet for meningsfulde resultater. Som minimum bør en opstilling med et effektivt (efter-vægtning) sekvensantal større end længden af søgesekvensen anvendes. Opstillinger med titusinder af (effektive) sekvenser betragtes som gode inddata.

Jackhmmer(1) fra hmmer-pakken eller hhblits(1) fra hhsuite kan anvendes til at oprette opstillingerne, f.eks.

Denne pakke indeholder kommandolinjeværktøjet freecontact(1).

Other Packages Related to freecontact

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Download freecontact

Download for all available architectures
Architecture Package Size Installed Size Files
amd64 360.6 kB1,733.0 kB [list of files]
arm64 328.3 kB1,689.0 kB [list of files]
armel 309.4 kB1,508.0 kB [list of files]
armhf 315.5 kB1,240.0 kB [list of files]
i386 372.5 kB1,780.0 kB [list of files]
mips64el 352.0 kB2,427.0 kB [list of files]
mipsel 351.4 kB2,253.0 kB [list of files]
ppc64el 361.9 kB2,077.0 kB [list of files]
s390x 327.9 kB1,765.0 kB [list of files]