Package: crac (2.5.2+dfsg-4)

Links for crac

Debian Resources:

Download Source Package crac:

Maintainers:

Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
Andreas Tille (QA Page)
Nilesh Patra (QA Page)

External Resources:

Homepage [crac.gforge.inria.fr]

Similar packages:

Integreret RNA-Seq-læsanalyse

CRAC er et værktøj til at analysere High Throughput Sequencing-data (HTS) sammenlignet med et referencegenom. Er lavet for transkriptomisk og genomisk sekvenslæsninger. Mere præcist, med transkriptomiske læsninger som inddata, så forudsiges punktmutationer, indel'er, delingspunkt og chimerisk RNA'er (dvs. ikke kolinære delingspunkter). CRAC kan også vise positioner og natur for sekvensfejl som detekteres i læsningerne. CRAC bruger et genomindeks. Dette indeks skal beregnes før kørsel af læseanalysen. Til dette formål bruges kommandoen »crac-index« på dine genmofiler. Du kan så behandle læsningerne via kommandoen crac. Se manualsiden for CRAC (hjælpefilen) ved at taste »man crac«. CRAC kræver en stor mængde hukommelse på din computer. For behandling mod menneskegenomer, f.eks. for 50 millioner læsninger med 100 nukleotider hver kræver CRAC omkring 40 gigabyte hovedhukommelse. Kontroller, om systemet for din beregningsserver er udstyret med tilstrækkelig mængde hukommelsen, før start af en analyse.

Other Packages Related to crac

depends

recommends

suggests

enhances

dep: libc6 (>= 2.29)

GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, i386]

GCC støttebibliotek

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]
dep: libgkarrays1 (>= 2.1.0+dfsg)

Bibliotek til at forespørge en stor samling af NGS-sekvenser
dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

Tilbyd funktionalitet for zlib C-bibliotek i en C++-iostrøm
dep: libhts3 (>= 1.10)

C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater
dep: libjellyfish-2.0-2 (>= 2.3.0)

Tæl k-mers i DNA-sekvenser - dynamisk bibliotek for jellyfish
dep: libstdc++6 (>= 9)

GNU Standard C++ bibliotek v3
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Komprimeringsbibliotek - kørselstid

Download crac

Download for all available architectures
Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	448.9 kB	2,258.0 kB	[list of files]
arm64	432.8 kB	2,213.0 kB	[list of files]
armel	415.7 kB	2,167.0 kB	[list of files]
armhf	416.2 kB	2,031.0 kB	[list of files]
i386	461.9 kB	2,307.0 kB	[list of files]
mips64el	469.6 kB	2,459.0 kB	[list of files]
ppc64el	477.5 kB	2,435.0 kB	[list of files]