Package: r-bioc-sva (3.38.0-1)
Links for r-bioc-sva
Debian Resources:
Download Source Package r-bioc-sva:
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [bioconductor.org]
Similar packages:
GNU R - surrogat variabelanalyse
Pakken sva indeholder funktioner til at fjerne jobeffekter og anden uønsket variation i eksperimenter med høj gennemløb. Pakken sva indeholder specifikt funktioner til at identificere og bygge surrogat-variabler for højdimensionale datasæt. Surrogatvariabler er kovariater konstrueret direkte fra højdimensionale data (som gen-udtryk/RNA-sekventering/methylation/hjerne-billedata) der kan bruges i efterfølgende analyse til at justere for ukendte, ikke modellerede eller latente støjkilder. Pakken sva kan bruges til at fjerne artefakter på tre måder: (1) identificere og estimere surrogatvariabler for ukendte kilder af variation i eksperimenter med høj gennemløb (Leek and Storey 2007 PLoS Genetics,2008 PNAS), (2) direkte fjerne kendte jobeffekter via ComBat (Johnson et al. 2007 Biostatistics) og (3) fjerne jobeffekter med kendte kontrolprøver (Leek 2014 biorXiv). Fjernelse af jobeffekter og brug af surrogatvariabler i differentiel udtryksanalyse har vist at en reduktion i afhængighed, en stabilisering af estimater for fejlrater og forbedring af reproducerbarheden, se (Leek and Storey 2007 PLoS Genetics, 2008 PNAS eller Leek et al. 2011 Nat. Reviews Genetics).
Other Packages Related to r-bioc-sva
|
|
|
|
-
- dep: r-api-4.0
- virtual package provided by r-base-core
-
- dep: r-api-bioc-3.12
- virtual package provided by r-bioc-biocgenerics
-
- dep: r-base-core (>= 4.0.3-1)
- GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem
-
- dep: r-bioc-biocparallel
- BioConductor - faciliteter for parallel evulering
-
- dep: r-bioc-edger
- Empirisk analyse af digitale gen-udtryksdata i R
-
- dep: r-bioc-genefilter
- Metoder for filtrering af gener fra microarray-eksperimenter
-
- dep: r-bioc-limma
- Lineære modeller for microarray-data
-
- dep: r-cran-matrixstats
- GNU R methods that apply to rows and columns of a matrix
-
- dep: r-cran-mgcv
- GNU R-pakke til flerparametre udjævningsestimering
-
- rec: r-bioc-bladderbatch
- GNU R-udtryksdata for blæregen der illustrerer partieffekter
-
- rec: r-cran-testthat
- GNU R-testpakke
-
- sug: r-bioc-biocstyle
- Standardstile for vignettes og andre Biocunductor-dokumenter
Download r-bioc-sva
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| ppc64el | 436.7 kB | 1,018.0 kB | [list of files] |