Package: phyml (3:3.3.20200621-1)

Fylogenisk estimering der bruger maksimum lIkelihood

PhyML er et program, som estimerer maksimum likelihood-fylogenier baseret på sammenligninger af nukleotid- eller aminosyresekvenser. Programmet tilbyder en bred vifte af indstillinger, som blev designet til at lette fylogentiske standardanalyser. PhyML's største styrke ligger i det store antal erstatningsmodeller koblet til diverse indstillinger for søgning i rummet med fylogenetiske trætopologier, der går fra meget hurtige og effektive metoder til langsommere, men mere præcise fremgangsmåder. Programmet implementerer også to metoder til at evaluere grenunderstøttelser i en god statistisk ramme (den ikkeparametriske bootstrap og den tilnærmede likelihood-forholdstest).

PhyMl blev designet til at behandle moderate til store datasæt. I teorien kan sammenligninger med op til 4.000 sekvenser og længde op til 2.000.000 tegn analyseres. I praksis er mængden af hukommelse til at behandle et datasæt proportional med produktet af antallet af sekvenser og deres længde. Et stort antal sekvenser kan derfor kun behandles, såfremt de er korte. PhyMl kan også håndtere lange sekvenser, så længe der ikke er mange. Med de fleste standardcomputere er komfortzonen for PhyML generelt omkring 3 til 500 sekvenser, som er mindre end 2.000 tegn lange.

Denne pakke inkluderer også PhyTime.

Tags: Biology: Proteins, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, User Interface: Command Line, Role: role::program, use::analysing, Purpose: Comparing, Works with: Biological Sequence

This page is also available in the following languages (How to set the default document language):