all options
buster  ] [  bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Source: glam2  ]

Package: glam2 (1064-9)

Links for glam2

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package glam2:

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

Proteinmotiver med afstand fra ikke-justerede sekvenser

GLAM2 er en programpakke til at finde motiver i sekvenser, typisk amino- syre eller nukleotidsekvenser. Et motiv er et tilbagevendende sekvensmønster: typiske eksempler er TAT-boksen og CAAX prenylation- motivet. Den primære nyskabelse i GLAM2 er, at den tillader at indsætte og slette i motiver.

Denne pakke inkluderer programmer for registrering af motiver delt af et sæt af sekvenser og finde match til disse motiver i en sekvensdatabase samt redskaber for konvertering af galm2-motiver til standardjusteringsformater, maskerende glam2-motiver ud af sekvensen, så svagere motiver kan findes, og fjerne meget ens medlemmer i et sæt af sekvenser.

Pakken inkluderer disse programmer:

 glam2:       finder motiver som deles af et sæt af sekvenser;
 glam2scan:   finder match - fra en sekvensdatabase - for motiver opdaget
              af glam2;
 glam2format: konverterer glam2-motiver til standardjusterede formater;
 glam2mask:   maskerer glam2-motiver ud af sekvenser, så svagere motiver
              kan findes;
 glam2-purge: fjerner medlemmer med stor lighed fra et sæt af sekvenser.

I denne binære pakke blev den hurtige Fourier-algoritme (FFT) aktiveret for glam2.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::analysing, use::comparing, Searching, Supports Format: works-with-format::TODO, works-with-format::plaintext, Works with: Need an extra tag

Other Packages Related to glam2

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Download glam2

Download for all available architectures
Architecture Package Size Installed Size Files
ppc64el 242.6 kB763.0 kB [list of files]