Package: clonalframeml (1.12-1)

Effektiv følgeslutning for rekombination i hele bakterielle genomer

ClonalFrameML er en programpakke, der udfører effektiv følgeslutning af rekombination i bakterielle genomer. ClonalFrameML blev oprettet af Xavier Didelot og Daniel Wilson. ClonalFrameML kan anvendes til enhver form for justerede sekvensdata, men er specielt rettet mod helhedsanalyse af genomsekvenser. Det er i stand til at sammenligne hundredvis af hele genomer i et spørgsmål om timer på en stationær standardcomputer. Der er tre vigtige resultater fra en kørsel med ClonalFrameML: en fylogeni med grenlængder korrigeret til at tage højde for rekombination, et estimat af nøgleparametrene for rekombinationsprocessen og et genomisk kort over hvor rekombination fandt sted for hver gren af ​​fylogenien.

ClonalFrameML er en maksimal sandsynlighedsimplementering af Bayesian-programmet ClonalFrame, som tidligere blev beskrevet af Didelot og Falush (2007). Rekombinationsmodellen under ClonalFrameML er nøjagtigt den samme som for ClonalFrame, men denne nye implementering er meget hurtigere og er i stand til at håndtere meget større genomdatasæt samt gør det uden at lide af MCMC-konvergensproblemer.

This page is also available in the following languages (How to set the default document language):