all options
bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Source: rockhopper  ]

Package: rockhopper (2.0.3+dfsg2-3)

Links for rockhopper

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package rockhopper:

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

System til at analysere bakterielle RNA-seq-data

Rockhopper er et omfattende og brugervenligt system for beregningsmæssig analyse af bakterielle RNA-seq-data. Rockhopper bruger RNA-sekventeringslæsninger fra sekventeringsteknologi med høj gennemløb (FASTQ, QSEQ, FASTA, SAM eller BAM). Rockhopper understøtter de følgende opgaver.

 * Referencebaseret transkriptsamling (når en eller flere referencegenomer
   er tilgængelige)
   - sammenligning læsninger med genomer
   - samling af transkripter
   - identifikation af transkriptgrænser og starttranskripter såsom små
     RNA'er
 * De nove-transkriptsamling (når referencegenomer er utilgængelige)
 * Normalisering af data fra forskellige eksperimenter
 * Kvantificering af transkriptoverflod
 * Test af differentielt genudtryk
 * Karakterisering af operon-strukturer
 * Visualisering af resultater i en genombrowser

Other Packages Related to rockhopper

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Download rockhopper

Download for all available architectures
Architecture Package Size Installed Size Files
all 582.7 kB650.0 kB [list of files]