Package: tnseq-transit (3.2.7-1)
Links for tnseq-transit
Debian Resources:
Download Source Package tnseq-transit:
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [saclab.tamu.edu]
Similar packages:
Statistiske beregninger af væsentlighed for gener eller genomregioner
Dette er et program, som kan bruges til at analysere Tn-Seq-datasæt. Det inkluderer diverse statistiske beregninger af væsentlighed for gener eller genomregioner (inklusive betinget væsentlighed mellem to betingelser). Disse metoder blev udviklet og testet i et samarbejde mellem Sassetti lab (UMass) og Ioerger lab (Texas A&M).
TRANSIT kan analysere TnSeq-biblioteker konstrueret med Himarl- eller Tn5-datasæt.
TRANSIT antager, at du allerede har udført forbrænding af rå sekvensfiler (.fastq) og udtrukket læs-antal i en .wig-formateret fil. .wig-filen skal indeholde antallet på alle sider, hvor en indsættelse kan udføres (inklusive sider uden nogen læsninger). For himarl-datasæt er det alle TA-sider i genomet. For Tn5-datasæt vil det være alle nukleotider i genomet.
Other Packages Related to tnseq-transit
|
|
|
|
-
- dep: bwa
- Burrows-Wheeler Aligner (sekvenssammenligner)
-
- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
-
- dep: python3-matplotlib
- Pythonbaseret plotsystem i en stil svarende til Matlab - Python 3
-
- dep: python3-numpy
- Hurtig tabelfacilitet til Python 3-sproget
-
- dep: python3-pil
- Python Imaging Library - Python3
-
- dep: python3-pkg-resources
- Pakkesøgning og ressourceadgang med brug af pkg_resources
-
- dep: python3-pubsub
- Python 3 publish-subscribe-bibliotek
-
- dep: python3-scipy
- Videnskabelige værktøjer for Python 3
-
- dep: python3-sklearn
- Pythonmoduler for maskinlæring og dataundersøgelse - Python 3
-
- dep: python3-statsmodels
- Python 3-modul for estimering af statistiske modeller
-
- dep: python3-wxgtk4.0
- Python 3-grænseflade til wxWidgets Cross-platform - C++ GUI-værktøjssæt
Download tnseq-transit
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| ppc64el | 8,817.6 kB | 77,374.0 kB | [list of files] |