Package: sim4 (0.0.20121010-8)

Værktøj for justering af cDNA og genomisk DNA

Sim4 er et similaritetsbaseret værktøj til at henføre en eksplicit DNA- sekvens (EST, cDNA, mRNA) til en genomisk sekvens for genet. Programmet finder også sammenføringspunkter når to inddatasekvenser overlapper i enden (dvs. når starten af en sekvens overlapper slutningen af den anden).

Sim4 bruger en blast-baseret teknik til først at bestemme de grundlæggende matchende blokke, der repræsenterer »exon-kernerne«. I det første stadie registreres alle de mulige præcise match af W-merer (dvs. DNA-ord med størrelse W) mellem de to sekvenser, de udvides til maksimalt scorende gabsfrie segmenter. I det andet stadie udvides exon-kernerne til de nærliggende, endnu ikke matchede fragmenter med brug af grådige algoritmer, og heuristik bruges til at favorisere konfigurationer som passer med genkendelsessignalerne for splejsningsstederne (GT-AG, CT-AC). Om nødvendigt gentages processen med mindre stringente parametre på de fragmenter som ikke er blevet matchet.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, use::searching, Supports Format: Need an extra tag, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

This page is also available in the following languages (How to set the default document language):