Package: sickle (1.33+git20150314.f3d6ae3-2)

Vinduesopdelt adaptiv trimmingværktøj for FASTQ-filer der bruger kvalitet

De fleste moderne sekventeringsteknologier fremstiller læsninger, som har lavere kvalitet mod 3'.end. Ukorrekte kaldte baser her påvirker negativt samlinger, oversættelse og bioinformatik-analyser.

Sickle er et værktøj, som bruger glidende vinduer sammen med kvalitets- og længdetærskler til at bestemme når kvaliteten er tilstrækkelig lav til at trimme 3'-end af læsninger. Programmet vil også fjerne læsninger baseret på længdens tærskel. Værktøjet bruger kvalitetsværdierne og glider et vindue på tværs af dem hvis længde er 0,1 gange længden af læsningen. Hvis denne længde er mindre end 1, så sættes vinduet til længden på læsningen. Elles glider vinduet langs kvalitetsværdierne indtil den gennemsnitlige kvalitet i vinduet er under tærsklen. På dette tidspunkt bestemmer algoritmen hvor i vinduet tabet opstår og klipper både læsningen og kvalitetsstrengene der. Hvis klip-punktet er mindre end minimumslængdens tærskel, så fjernes læsningen helt.

Sickle understøtter fire typer af kvalitetsværdier: Illumina, Solexa, Phred og Sanger. Bemærk at kvalitetsindstillingen Solexa er en tilnærmelse (den faktiske konvertering er en ikkelineær transformation). Sluttilnærmelsen er luk.

Sickle understøtter også filer pakket med gzip.

This page is also available in the following languages (How to set the default document language):