[ Source: fasta3 ]
Package: fasta3 (36.3.8i.14-Nov-2020-1)
Links for fasta3
Debian Resources:
Download Source Package fasta3:
- [fasta3_36.3.8i.14-Nov-2020-1.dsc]
- [fasta3_36.3.8i.14-Nov-2020.orig.tar.gz]
- [fasta3_36.3.8i.14-Nov-2020-1.debian.tar.xz]
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [fasta.bioch.virginia.edu]
Similar packages:
Værktøjer til at søge i samlinger med biologiske sekvenser
FASTA-programmerne finder regioner med lokal eller global lighed mellem protein- og DNA-sekvenser, enten ved at søge i protein- og DNA-databaser, eller ved at identificere lokale dubletter i en sekvens. Andre programmer tilbyder information om den statistiske signifikans for en sammenligning. Som BLAST kan FASTE bruges til at udlede funktionelle og evolutionære relationer mellem sekvenser samt som hjælp til at identificere medlemmer af gen-familier.
* Protein - Protein-protein FASTA - Protein-protein Smith-Waterman (ssearch) - Global Protein-protein (Needleman-Wunsch) (ggsearch) - Global/Lokal protein-protein (glsearch) - Protein-protein med ikkeordnede peptider (fasts) - Protein-protein med blandede peptid-sekvenser (fastf)
* Nukleotid - Nukleotid-Nukleotid (DNA/RNA fasta) - Ordnet Nukleotid vs Nukleotid (fastm) - Ikkeordnede Nukleotider vs Nukleotid (fasts)
* Oversatte
- Oversat DNA (med billedskift, f.e. EST'er)
vs Proteiner (fastx/fasty)
- Protein vs Oversat DNA (med billedskift)
(tfastx/tfasty)
- Peptider vs Oversat DNA (tfasts)
* Statistisk signifikans - Protein vs Protein-blanding (prss) - DNA vs DNA-blanding (prss) - Oversat DNA vs Protein-blanding (prfx)
* Lokale dubletter - Lokale Protein-sammenligninger (lalign) - Plot Protein-sammenligning »dot-plot« (plalign) - Lokale DNA-sammenligninger (lalign) - Plot DNA-sammenligning »dot-plot« (plalign)
Dette program bruges ofte via en internettjeneste på EBI med indekserede referencedatabaser på http://www.ebi.ac.uk/Tools/fasta/.
Other Packages Related to fasta3
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.34)
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
-
- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
-
- rec: r-base-core
- GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem
-
- sug: bedtools
- Programpakke med redskaber for sammenligning af arvemassefunktioner
-
- sug: libdbd-mysql-perl
- Perl5-databasegrænseflade til MariaDB/MySQL-databasen
-
- sug: libdbi-perl
- databasegrænseflade til Perl (DBI)
-
- sug: libhtml-tableextract-perl
- modul for udtrækning af indholdet i HTML-tabeller
-
- sug: libjson-perl
- modul for manipulering af JSON-formaterede data
-
- sug: liburi-encode-perl
- Perl module to encode and decode strings to URIs
-
- sug: libwww-perl
- Simpel og konsistent grænseflade til World Wide Web
-
- sug: libxml-twig-perl
- Perlmodul for behandling af store XML-dokumenter i trætilstand
-
- sug: ncbi-blast+
- Næste generation programpakke for BLAST-sekvens søgeværktøjer
-
- sug: perl
- Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)
-
- sug: python3-mysqldb
- Pythongrænseflade for MySQL
Download fasta3
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| ppc64el | 884.6 kB | 8,238.0 kB | [list of files] |