[ Source: centrifuge ]
Package: centrifuge (1.0.3-11)
Links for centrifuge
Debian Resources:
Download Source Package centrifuge:
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [ccb.jhu.edu]
Similar packages:
Hurtigt og hukommelseseffektivt system til klassifikation af DNA-sekvenser
Centrifuge er et meget hurtigt og hukommelseseffektivt system for klassifikation af DNA-sekvenser fra mikrobielle prøver, med bedre sensitivitet end og sammenlignelig præcision til andre ledende systemer. Systemet bruger et nyt indekseringsskema baseret på Burrows-Wheeler transform (BWT) og Ferragina-Manzini-indeks (FM), optimeret specifikt for det metagenomiske klassifikationsproblem. Centrifuge kræver et relativt lille indeks (f.eks. 4.3 GB for ~4,100 bakteriegenomer) men tilbyder meget hurtig klassifikationshastighed, så programmet kan behandle en typisk DNA-sekvenskørsel på en time. Sammen aktiverer disse fremskridt en præcis analyse af store metagenomiske datasæt på konventionelle skrivebordscomputere.
Other Packages Related to centrifuge
|
|
|
|
-
- dep: hisat2
- Grafbaseret sammenligning af korte nukleoide læsninger for mange genomer
-
- dep: jellyfish
- Tæl k-mers i DNA-sekvenser
-
- dep: libc6 (>= 2.34)
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- GCC støttebibliotek
-
- dep: libstdc++6 (>= 11)
- GNU Standard C++ bibliotek v3
-
- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
Download centrifuge
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| ppc64el | 564.0 kB | 1,853.0 kB | [list of files] |