Package: bamtools (2.5.2+dfsg-4)

Værktøjssæt for manipulering af BAM-filer - sammenligning af arvemasser

BamTools faciliterer forskningsanalyse og datahåndtering med brug af BAM-filer. Værktøjet håndterer de enorme datamængder lavet af nuværende sekvensteknologier, som typisk lagres i komprimerede, binære formater, som ikke nemt håndteres af tekstbaserede fortolkere ofte brugt i forskning indenfor bioinformatik.

BamTools tilbyder både en C++-API for BAM-filunderstøttelse samt et værktøjssæt for kommandolinjen.

Dette er værktøjssættet til kommandolinjen for bamtools.

Tilgængelige kommandoer for bamtools:

 convert  Konverterer mellem BAM og et antal andre formater
 count    Udskriver antallet af sammenligninger i BAM-filer
 coverage Udskriver dækningsstatistik fra inddata-BAM-filen
 filter   Filtrerer BAM-filer efter kriterier angivet af brugeren
 header   Udskriver BAM-teksthovedinformation
 index    Opretter indeks for BAM-fil
 merge    Sammenføj flere BAM-filer til en enkel fil
 random   Vælg vilkårlige sammenligninger fra eksisterende BAM-filer,
          lavet mere som et testværktøj.
 resolve  Slår parret ende-læsninger op (markerer IsProperPair-flaget
          efter behov)
 revert   Fjerner duplikerede mærker og gendanner originale
          basiskvaliteter
 sort     Sorterer BAM-filen jævnfør nogle kriterier
 split    Deler en BAM-fil på brugerangivne egenskab, opretter en ny
          BAM-uddatafil for hver fundet værdi
 stats    Udskriver lidt grundlæggende statistik fra inddata-BAM-filer

Tags: Implemented in: C++, Role: Program

This page is also available in the following languages (How to set the default document language):