Package: abpoa (1.4.1-3 and others)

Adaptiv båndet Partial Order Alignment

abPOA er en udvidet version af Partial Order Alignment (POA), der udfører adaptiv båndet dynamisk programmering (DP) med en SIMD-implementering. abPOA kan udføre flere sekvenssammenligninger (MSA) på et sæt af sekvenser og oprette en konsensussekvens ved at anvende den tungeste samlingsalgoritme til den endelige sammenligningsgraf.

abPOA kan oprette højkvalitets konsensussekvenser fra fejlsikre lange læsninger og tilbyder signifikant hastighedsforbedring over eksisterende værktøjer.

abPOA understøtter tre sammenligningstilstande (global, lokal, udvidelse) og fleksible bedømmelsesskemaer, der tillader lineære, affine, konvekse hulstraffe. Understøtter i øjeblikket SSE2/SSE4.1/AVX2-vektorisering.

For yderligere information se venligst paper[1] udgivet i Bioinformatics.

[1]: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa963

This page is also available in the following languages (How to set the default document language):