Package: transdecoder-doc (5.0.1-5)

Find kodningsregioner i RNA-transkriptsekvenser - dok.

TransDecoder identificerer kandidatkodningsregioner i transkriptsekvenser, såsom dem oprettet af de novo RNA-Seq-transkriptsamlingen der bruger Trinity, eller konstrueret baseret på RNA-Seq-sammenligninger til genomet der bruger Tophat og Cufflinks.

TransDecoder identificerer sandsynlige kodningssekvenser baseret på følgende kriterier:

 * en minimal længde »open reading frame« (ORF) findes i en transkriptkø
 * en log-likelihood bedømmelse svarende til hvad der beregnes af GeneID-
   programmet er > 0
 * den ovenstående kodebedømmelse er størst når ORF'en bedømmes i den
   første læseramme sammenlignet med bedømmelser i de andre fem læserammer
 * hvis en kandidat-ORF findes fuldt indkapslet af koordinaterne for
   en anden kandidat-ORF, så bliver den længste rapporteret. Dog kan en
   enkel transkript rapportere flere ORF'er (hvilket giver mulighed for
   operoner, chimeraer etc.)
 * valgfrit har den formodede peptid et match til et Pfam-domæne over
   støjafskæringsbedømmelsen

Denne pakke indeholder dokumentationen og dataeksempler.

This page is also available in the following languages (How to set the default document language):