Package: cutesv (2.0.2-1)
Links for cutesv
Debian Resources:
Download Source Package cutesv:
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [github.com]
Similar packages:
Omfattende registrering af strukturelle variationer af genomsekvenser
lang-læst sekventering aktiverer den omfattende registrering af strukturelle variationer (SV'er). Det er dog stadig ikke trivielt at opnå høj sensitivitet og ydelse samtidig på grund af de komplekse SV-karakteristika underforstået ved støjende lange læsninger.
CuteSV er en sensitiv, hurtig og skalerbar lang-læst-baseret fremgangsmåde for SV-registreringer. CuteSV bruger skræddersyede metoder til at indsamle signaturerne for diverse typer af SV'er og udruller en klynge-og-raffinering metode til at analysere signaturerne for at implementere sensitiv SV-registrering. Sammenligninger af reelle Pacific Biosciences- (PacBio) og Oxford Nanopore Technology-datasæt (ONT) demonstrerer at cuteSV har bedre ydelse og skalerbarhed end moderne værktøjer.
Other Packages Related to cutesv
|
|
|
|
-
- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
-
- dep: python3-biopython
- Python 3-bibliotek for bioinformatik
-
- dep: python3-cigar
- Manipuler SAM cigar-strenge
-
- dep: python3-numpy
- Hurtig tabelfacilitet til Python 3-sproget
-
- dep: python3-pysam
- Grænseflade for SAM/BAM-sekvenssammenligning og oversættelsesformatet - Python 3
-
- dep: python3-vcf
- Variant Call Format-fortolker (VCF) for Python 3
Download cutesv
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| all | 32.2 kB | 191.0 kB | [list of files] |