Package: r-cran-qtl (1.58-1)

GNU R-pakke for genetisk markørbindingsanalyse

R/QTL er et udvideligt, interaktivt miljø til kortlægning af kvantitativ trait loci (QTL'er) i eksperimentelle krydsninger. Det er implementeret som en udvidelsespakke til det frit tilgængelige og udbredte statistiske sprog/program R (se http://www.r-project.org).

Udviklingen af ​​dette program som en udvidelse til R giver mulighed for at udnytte de grundlæggende matematiske og statistiske funktioner, og kraftfulde grafikfunktioner, der er indeholdt i R. Derudover vil brugeren få gavn af den problemfri integration af QTL-kortlægningsprogrammet i et generelt statistisk analyseprogram. Målet er at gøre komplekse QTL-kortlægningsmetoder bredt tilgængelige og give brugerne mulighed for at fokusere på modellering snarere end beregning.

Et centralt element i beregningsmæssige metoder til QTL-oversættelse er den skjulte Markov-modelteknologi (HMM) til håndtering af manglende arvemassedata. De vigtigste HMM-algoritmer blev implementeret, med hensyn til tilstedeværelsen af arvemassefejl, for tilbagekrydsninger, krydsninger og fase-kendte fire vejs krydsninger.

Den nuværende version af R/QTL omfatter faciliteter til estimering af genetiske kort, identificering af arvemassefejl, og udførelse af single-QTL-arvemasseskanninger og to-QTL, todimensionale arvemasse skanninger, efter intervalkortlægning (med EM-algoritmen), Haley-Knott-regression og flere imputationer. Alt dette kan udføres i nærvær af kovarianter (såsom køn, alder eller behandling). Man kan også passe højere orden QTL-modeller ved flere imputationer.

Tags: Software Development: GNU R Development, Libraries, Field: Biology, field::statistics, implemented-in::r, Role: Application Data, Application Suite: GNU

This page is also available in the following languages (How to set the default document language):