Package: dialign-tx (1.0.2-15)

Segmentové uspořádání násobných sekvencí

DIALIGN-TX je nástroj pro příkazovou řádku umožňující provádět alignmenty několika proteinových nebo DNA sekvencí. Je to úplně přepsaná implementace segmentového přístupu s několika vylepšeními a heuristikou, což výrazně zvyšuje kvalitu výsledných aligmentů v porovnání s DIALIGN 2.2 a DIALIGN T. Pro párové alignmenty používá algoritmus "řetězení fragmentů" (fragment chaining), který upřednostňuje řetězce lokálních alignmentů s nízkým skóre před jednotlivými fragmenty s vysokým skóre. Pro násobné alignmenty DIALIGN-TN používá vylepšený "hladový postup" (greedy procedure), který není tak citlivý na nepodstatné lokální podobnosti.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, works-with-format::TODO, Supports Format: Plain Text, Works with: Need an extra tag

This page is also available in the following languages (How to set the default document language):