Package: mafft (7.475-1)

Program pro uspořádání aminokyselin a sekvencí nukleotidů

MAFFT je program pro vícenásobné sekvenční uspořádání, který provádí tři metody:

 * L-INS-i (pravděpodobně nejpřesnější; vhodná pro < 200 sekvencí;
   iterativní propracovaná metoda začlenění informací o místním
   uspořádání párů),
 * G-INS-i (vhodná pro sekvence podobných délek; vhodná pro < 200
   sekvencí; iterativní propracovaná metoda začlenění informací o
   globálním uspořádání párů),
 * E-INS-i (vhodná pro uspořádání obsahující rozsáhlé neuspořadatelné
   oblasti; doporučuje se pro < 200 sekvencí),
 a pět rychlostně-orientovaných metod:
  * FFT-NS-i (iterativní metoda; pouze dva cykly),
  * FFT-NS-i (iterativní metoda; maximálně 1000 cyklů),
  * FFT-NS-2 (rychlá; progresivní metoda),
  * FFT-NS-1 (velmi rychlá; doporučeno pro > 2000 sekvencí; progresivní
    metody s hrubým průchodem stromu),
  * NW-NS-PartTree-1 (doporučena pro ~50 000 sekvencí; progresivní metoda
    s algoritmem PartTree).

Tags: Biology: Clustal/ALN, Proteins, Field: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, works-with-format::plaintext, Works with: Biological Sequence

This page is also available in the following languages (How to set the default document language):