Package: mummer (3.23+dfsg-8)

Efektivní uspořádání sekvencí kompletních genomů

MUMmer je systém rychlého vytváření celých genomů, ať už kompletně nebo v náčrtu. Např. MUMmer 3.0 umí najít všech 20-základních párů nebo větších shod mezi páry 5-mega základních genomů během 13,7 s, přitom využije 78 MB paměti na linuxovém počítači s 2,4 GHz CPU. MUMmer umí také uspořádat částečné genomy; umí zpracovat stovky či tisíce částí projektu s nevídanou lehkostí a uspořádat je do jiné množiny či genomu pomocí programu NUCmer obsaženého v tomto systému. Pokud jsou druhy příliš odlišné, pak může program PROmer generovat uspořádání podle překladu obou vstupních sekvencí.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, works-with-format::TODO, Supports Format: Plain Text, Works with: Need an extra tag

This page is also available in the following languages (How to set the default document language):