Пакет: bifrost (1.3.1-1)

Връзки за bifrost

Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник bifrost.

Отговорници:

Външни препратки:

Начална страница [github.com]

Подобни пакети:

parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs

Bifrost is a command-line tool for sequencing that features a broad range of functions, such as indexing, editing, and querying the graph, and includes a graph coloring method that maps each k-mer of the graph to the genomes it occurs in.

 * Build, index, color and query the compacted de Bruijn graph
 * No need to build the uncompacted de Bruijn graph
 * Reads or assembled genomes as input
 * Output graph in GFA (can be visualized with Bandage), FASTA or binary
 * Graph cleaning: short tip clipping, etc.
 * Multi-threaded
 * No parameters to estimate with other tools
 * Exact or approximate k-mer search of queries

Други пакети, свързани с bifrost

зависимости

препоръчани

предложени

enhances

dep: libbifrost0 (>= 1.3.1)

library for parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs
dep: libc6 (>= 2.34)

GNU C Library: Shared libraries
също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

GCC support library
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

GNU Standard C++ Library v3
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

compression library - runtime

Изтегляне на bifrost

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
amd64	500,0 кБ	1 222,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	470,1 кБ	1 173,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	462,5 кБ	1 326,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	510,8 кБ	1 366,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	510,2 кБ	1 273,0 кБ	[списък на файловете]