Пакет: murasaki-mpi (1.68.6-13 и други)

Връзки за murasaki-mpi

Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник murasaki.

Отговорници:

Външни препратки:

Начална страница [murasaki.dna.bio.keio.ac.jp]

Подобни пакети:

homology detection tool across multiple large genomes (MPI-version)

Murasaki is a scalable and fast, language theory-based homology detection tool across multiple large genomes. It enable whole-genome scale multiple genome global alignments. Supports unlimited length gapped-seed patterns and unique TF-IDF based filtering.

Murasaki is an anchor alignment software, which is

 * exteremely fast (17 CPU hours for whole Human x Mouse genome (with
   40 nodes: 52 wall minutes))
 * scalable (Arbitrarily parallelizable across multiple nodes using MPI.
   Even a single node with 16GB of ram can handle over 1Gbp of sequence.)
 * unlimited pattern length
 * repeat tolerant
 * intelligent noise reduction

This package provides the MPI-enabled binary for murasaki. While this will speed up operation on multi-processor machines it will slow down on a single processor.

Други пакети, свързани с murasaki-mpi

зависимости

препоръчани

предложени

enhances

dep: libboost-filesystem1.74.0 (>= 1.74.0) [sparc64]

filesystem operations (portable paths, iteration over directories, etc) in C++

dep: libboost-filesystem1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]
dep: libboost-filesystem1.83.0 (>= 1.83.0) [не sparc64, x32]

filesystem operations (portable paths, iteration over directories, etc) in C++
dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0) [sparc64]

Boost.Iostreams Library

dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]
dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0) [не sparc64, x32]

Boost.Iostreams Library
dep: libboost-regex1.74.0-icu67 [sparc64]

Пакетът не е наличен
dep: libboost-regex1.74.0-icu72 [x32]

виртуален пакет, предлаган от libboost-regex1.74.0
dep: libboost-system1.74.0 (>= 1.74.0) [sparc64]

Operating system (e.g. diagnostics support) library
dep: libc6 (>= 2.29) [sparc64]

GNU C Library: Shared libraries
също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, sh4, sparc64]

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

GNU C Library: Shared libraries
също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libcrypto++6 [sparc64]

Пакетът не е наличен
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

GCC support library

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

GCC support library
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

GCC support library
dep: libopenmpi3 (>= 4.0.5) [sparc64]

high performance message passing library -- shared library
dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [не sparc64]

high performance message passing library -- shared library
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [не sparc64]

GNU Standard C++ Library v3

dep: libstdc++6 (>= 5.2) [sparc64]
dep: libunwind8 [ia64]

library to determine the call-chain of a program - runtime
dep: murasaki-common

homology detection tool across multiple large genomes (common files)

Изтегляне на murasaki-mpi

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	1.68.6-13+b5	694,7 кБ	5 701,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	1.68.6-13+b5	725,1 кБ	5 095,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	1.68.6-13+b5	630,7 кБ	5 159,0 кБ	[списък на файловете]
armel	1.68.6-13+b5	481,5 кБ	3 423,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	1.68.6-13+b5	495,5 кБ	2 415,0 кБ	[списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура)	1.68.6-13+b5	698,5 кБ	4 822,0 кБ	[списък на файловете]
i386	1.68.6-13+b5	737,6 кБ	4 803,0 кБ	[списък на файловете]
ia64 (неофициална архитектура)	1.68.6-13+b5	766,7 кБ	9 658,0 кБ	[списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура)	1.68.6-13+b5	590,5 кБ	4 246,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	1.68.6-13+b5	688,8 кБ	6 877,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	1.68.6-13+b5	715,8 кБ	7 143,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	1.68.6-13+b4	719,3 кБ	6 503,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	1.68.6-13+b3	676,6 кБ	3 970,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	1.68.6-13+b4	707,7 кБ	5 742,0 кБ	[списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура)	1.68.6-13+b4	614,4 кБ	4 250,0 кБ	[списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура)	1.68.6-11	517,7 кБ	3 959,0 кБ	[списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура)	1.68.6-13+b5	583,0 кБ	3 388,0 кБ	[списък на файловете]