[ Източник: gubbins ]
Пакет: gubbins (3.3.5-1 и други)
Връзки за gubbins
Ресурси за Debian:
- Доклади за грешки
- Developer Information
- Журнал на промените в Debian
- Авторски права
- Управление на кръпките в Debian
Изтегляне на пакет-източник gubbins.
Отговорници:
- Debian Med Packaging Team (Страница за QA, Пощенски архив)
- Andreas Tille (Страница за QA)
- Étienne Mollier (Страница за QA)
Външни препратки:
- Начална страница [sanger-pathogens.github.io]
Подобни пакети:
phylogenetic analysis of genome sequences
Gubbins supports rapid phylogenetic analysis of large samples of recombinant bacterial whole genome sequences.
Gubbins (Genealogies Unbiased By recomBinations In Nucleotide Sequences) is an algorithm that iteratively identifies loci containing elevated densities of base substitutions while concurrently constructing a phylogeny based on the putative point mutations outside of these regions. Simulations demonstrate the algorithm generates highly accurate reconstructions under realistic models of short-term bacterial evolution, and can be run in only a few hours on alignments of hundreds of bacterial genome sequences.
Други пакети, свързани с gubbins
|
|
|
|
-
- dep: fasttree [не amd64, i386]
- phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences
-
- dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]
- GNU C Library: Shared libraries
също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.29) [m68k, ppc64]
- dep: libc6 (>= 2.34) [amd64, i386]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]
- GNU C Library: Shared libraries
също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb
-
- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
-
- dep: python3-biopython
- Python3 library for bioinformatics
-
- dep: python3-dendropy
- DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)
-
- dep: python3-multiprocess [amd64, i386]
- better multiprocessing and multithreading in Python
-
- dep: python3-nose [не amd64, i386]
- test discovery and running for Python3 unittest
-
- dep: python3-numpy [amd64, i386]
- Fast array facility to the Python language (Python 3)
-
- dep: python3-reportlab [не amd64, i386]
- ReportLab library to create PDF documents using Python3
-
- dep: python3-scipy [amd64, i386]
- scientific tools for Python 3
-
- dep: raxml
- Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- compression library - runtime
-
- rec: fasttree
- phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences
-
- rec: iqtree
- efficient phylogenetic software by maximum likelihood
-
- sug: r-base-core
- GNU R core of statistical computation and graphics system
Изтегляне на gubbins
| Архитектура | Версия | Големина на пакета | Големина след инсталиране | Файлове |
|---|---|---|---|---|
| alpha (неофициална архитектура) | 2.3.5-1 | 53,5 кБ | 201,0 кБ | [списък на файловете] |
| amd64 | 3.3.5-1 | 89,7 кБ | 473,0 кБ | [списък на файловете] |
| i386 | 3.3.5-1 | 90,7 кБ | 476,0 кБ | [списък на файловете] |
| m68k (неофициална архитектура) | 2.3.5-1 | 46,0 кБ | 174,0 кБ | [списък на файловете] |
| ppc64 (неофициална архитектура) | 2.3.5-1 | 55,4 кБ | 312,0 кБ | [списък на файловете] |
| riscv64 (неофициална архитектура) | 2.3.5-1 | 48,1 кБ | 168,0 кБ | [списък на файловете] |