Пакет: fasta3 (36.3.8i.14-Nov-2020-1 и други)

Връзки за fasta3

Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник fasta3.

Отговорници:

Външни препратки:

Начална страница [fasta.bioch.virginia.edu]

Подобни пакети:

tools for searching collections of biological sequences

The FASTA programs find regions of local or global similarity between Protein or DNA sequences, either by searching Protein or DNA databases, or by identifying local duplications within a sequence. Other programs provide information on the statistical significance of an alignment. Like BLAST, FASTA can be used to infer functional and evolutionary relationships between sequences as well as help identify members of gene families.

 * Protein
   - Protein-protein FASTA
   - Protein-protein Smith-Waterman (ssearch)
   - Global Protein-protein (Needleman-Wunsch) (ggsearch)
   - Global/Local protein-protein (glsearch)
   - Protein-protein with unordered peptides (fasts)
   - Protein-protein with mixed peptide sequences (fastf)

 * Nucleotide
   - Nucleotide-Nucleotide (DNA/RNA fasta)
   - Ordered Nucleotides vs Nucleotide (fastm)
   - Un-ordered Nucleotides vs Nucleotide (fasts)

 * Translated
   - Translated DNA (with frameshifts, e.g. ESTs)
     vs Proteins (fastx/fasty)
   - Protein vs Translated DNA (with frameshifts)
     (tfastx/tfasty)
   - Peptides vs Translated DNA (tfasts)

 * Statistical Significance
   - Protein vs Protein shuffle (prss)
   - DNA vs DNA shuffle (prss)
   - Translated DNA vs Protein shuffle (prfx)

 * Local Duplications
   - Local Protein alignments (lalign)
   - Plot Protein alignment "dot-plot" (plalign)
   - Local DNA alignments (lalign)
   - Plot DNA alignment "dot-plot" (plalign)

This software is often used via a web service at the EBI with readily indexed reference databases at http://www.ebi.ac.uk/Tools/fasta/.

Други пакети, свързани с fasta3

зависимости

препоръчани

предложени

enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, sh4]

GNU C Library: Shared libraries
също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

GNU C Library: Shared libraries
също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

rec: r-base-core

GNU R core of statistical computation and graphics system

sug: bedtools

suite of utilities for comparing genomic features
sug: libdbd-mysql-perl

Perl5 database interface to the MariaDB/MySQL database
sug: libdbi-perl

Perl Database Interface (DBI)
sug: libhtml-tableextract-perl

module for extracting the content contained in HTML tables
sug: libjson-perl

module for manipulating JSON-formatted data
sug: liburi-encode-perl

Perl module to encode and decode strings to URIs
sug: libwww-perl

simple and consistent interface to the world-wide web
sug: libxml-twig-perl

Perl module for processing huge XML documents in tree mode
sug: ncbi-blast+

next generation suite of BLAST sequence search tools
sug: perl

Larry Wall's Practical Extraction and Report Language
sug: python3-mysqldb

Python interface to MySQL

Изтегляне на fasta3

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	36.3.8i.14-Nov-2020-1	907,4 кБ	7 534,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	36.3.8i.14-Nov-2020-1	902,2 кБ	6 970,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	36.3.8i.14-Nov-2020-1	805,2 кБ	6 702,0 кБ	[списък на файловете]
armel	36.3.8i.14-Nov-2020-1	807,9 кБ	6 924,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	36.3.8i.14-Nov-2020-1	771,9 кБ	5 324,0 кБ	[списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура)	36.3.8i.14-Nov-2020-1	864,1 кБ	6 245,0 кБ	[списък на файловете]
i386	36.3.8i.14-Nov-2020-1	853,3 кБ	6 924,0 кБ	[списък на файловете]
ia64 (неофициална архитектура)	36.3.8i.14-Nov-2020-1	1 075,0 кБ	11 899,0 кБ	[списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура)	36.3.8i.14-Nov-2020-1	755,2 кБ	5 887,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	36.3.8i.14-Nov-2020-1	809,3 кБ	6 742,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	36.3.8i.14-Nov-2020-1	872,1 кБ	7 875,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	36.3.8i.14-Nov-2020-1	884,6 кБ	8 238,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	36.3.8i.14-Nov-2020-1+b1	1 005,6 кБ	5 915,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	36.3.8i.14-Nov-2020-1	826,1 кБ	6 836,0 кБ	[списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура)	36.3.8i.14-Nov-2020-1	929,0 кБ	6 336,0 кБ	[списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура)	36.3.8i.14-Nov-2020-1	895,1 кБ	18 263,0 кБ	[списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура)	36.3.8i.14-Nov-2020-1	884,2 кБ	6 748,0 кБ	[списък на файловете]