Пакет: cnvkit (0.9.10-3~0exp0)

Връзки за cnvkit

Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник cnvkit.

Отговорници:

Външни препратки:

Начална страница [cnvkit.readthedocs.org]

Подобни пакети:

Експериментален пакет

Предупреждение: Този пакет е от дистрибуцията experimental. Това означава, че е възможно да е нестабилен или да има грешки, а може дори и да предизвика загуба на данни. Прочетете информация за промените и останалата документация преди да го използвате.

Copy number variant detection from targeted DNA sequencing

A command-line toolkit and Python library for detecting copy number variants and alterations genome-wide from targeted DNA sequencing. It is designed for use with hybrid capture, including both whole-exome and custom target panels, and short-read sequencing platforms such as Illumina and Ion Torrent.

Други пакети, свързани с cnvkit

зависимости

препоръчани

предложени

enhances

dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
dep: python3-biopython

Python3 library for bioinformatics
dep: python3-matplotlib

Python based plotting system in a style similar to Matlab
dep: python3-numpy

Python library for numerical computations (Python 3)
dep: python3-pandas

data structures for "relational" or "labeled" data
dep: python3-pomegranate

Fast, flexible and easy to use probabilistic modelling
dep: python3-pyfaidx

efficient random access to fasta subsequences for Python 3
dep: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: python3-reportlab

ReportLab library to create PDF documents using Python3
dep: python3-scipy

scientific tools for Python 3
dep: python3-sklearn

Python modules for machine learning and data mining - Python 3
dep: r-bioc-dnacopy (>= 1.78.0)

R package: DNA copy number data analysis

Изтегляне на cnvkit

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
all	19 048,0 кБ	94 731,0 кБ	[списък на файловете]