всички настройки
buster  ] [  bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Източник: fasttree  ]

Пакет: fasttree (2.1.11-2)

Връзки за fasttree

Screenshot

Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник fasttree.

Отговорници:

Външни препратки:

Подобни пакети:

phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences

FastTree infers approximately-maximum-likelihood phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences. It handles alignments with up to a million of sequences in a reasonable amount of time and memory. For large alignments, FastTree is 100-1,000 times faster than PhyML 3.0 or RAxML 7.

FastTree is more accurate than PhyML 3 with default settings, and much more accurate than the distance-matrix methods that are traditionally used for large alignments. FastTree uses the Jukes-Cantor or generalized time-reversible (GTR) models of nucleotide evolution and the JTT (Jones-Taylor-Thornton 1992) model of amino acid evolution. To account for the varying rates of evolution across sites, FastTree uses a single rate for each site (the "CAT" approximation). To quickly estimate the reliability of each split in the tree, FastTree computes local support values with the Shimodaira-Hasegawa test (these are the same as PhyML 3's "SH-like local supports").

This package contains a single threaded version (fasttree) and a parallel version which uses OpenMP (fasttreMP).

Други пакети, свързани с fasttree

  • зависимости
  • препоръчани
  • предложени
  • enhances

Изтегляне на fasttree

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура Големина на пакета Големина след инсталиране Файлове
amd64 176,6 кБ483,0 кБ [списък на файловете]
arm64 167,5 кБ465,0 кБ [списък на файловете]
armel 172,2 кБ509,0 кБ [списък на файловете]
armhf 164,9 кБ385,0 кБ [списък на файловете]
i386 178,9 кБ517,0 кБ [списък на файловете]
mips64el 171,5 кБ527,0 кБ [списък на файловете]
mipsel 171,8 кБ515,0 кБ [списък на файловете]
ppc64el 181,9 кБ635,0 кБ [списък на файловете]
s390x 166,4 кБ493,0 кБ [списък на файловете]