Пакет: kleborate (2.3.1-2)

Връзки за kleborate

Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник kleborate.

Отговорници:

Външни препратки:

Начална страница [github.com]

Подобни пакети:

tool to screen Klebsiella genome assemblies

Kleborate is a tool to screen Klebsiella genome assemblies for:

 * MLST sequence type
 * species (e.g. K. pneumoniae, K. quasipneumoniae, K. variicola, etc.)
 * ICEKp associated virulence loci: yersiniabactin (ybt),
   colibactin (clb)
 * virulence plasmid associated loci: salmochelin (iro), aerobactin
   (iuc), hypermucoidy (rmpA, rmpA2)
 * antimicrobial resistance genes, including quinolone resistance SNPs
   and colistin resistance truncations
 * K (capsule) and O antigen (LPS) serotype prediction, via wzi alleles
   and Kaptive

Други пакети, свързани с kleborate

зависимости

препоръчани

предложени

enhances

dep: kaptive

obtain information about K and O types for Klebsiella genome assemblies
dep: kaptive-data

reference data for kaptive for Klebsiella genome assemblies
dep: mash

fast genome and metagenome distance estimation using MinHash
dep: ncbi-blast+

next generation suite of BLAST sequence search tools
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
dep: python3-biopython

Python3 library for bioinformatics
dep: python3-distutils

distutils package for Python 3.x

Изтегляне на kleborate

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
amd64	7 558,6 кБ	62 139,0 кБ	[списък на файловете]