[ Source: parsnp ]
Пакунок: parsnp (1.5.4+dfsg-1)
Links for parsnp
Debian Resources:
Download Source Package parsnp:
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [harvest.readthedocs.org]
Similar packages:
rapid core genome multi-alignment
Parsnp was designed to align the core genome of hundreds to thousands of bacterial genomes within a few minutes to few hours. Input can be both draft assemblies and finished genomes, and output includes variant (SNP) calls, core genome phylogeny and multi-alignments. Parsnp leverages contextual information provided by multi-alignments surrounding SNP sites for filtration/cleaning, in addition to existing tools for recombination detection/filtration and phylogenetic reconstruction.
Інші пакунки пов'язані з parsnp
|
|
|
|
-
- dep: fasttree
- phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences
-
- dep: harvest-tools
- archiving and postprocessing for reference-compressed genomic multi-alignments
-
- dep: libc6 (>= 2.27)
- Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
also a virtual package provided by libc6-udeb
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5)
- Допоміжна бібліотека GCC
-
- dep: libgomp1 (>= 6)
- Підтримувальна бібліотека GCC OpenMP (GOMP)
-
- dep: libmuscle1 (>= 3.7+4565)
- multiple alignment library for protein sequences
-
- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3
-
- dep: mummer
- Efficient sequence alignment of full genomes
-
- dep: phipack
- PHI test and other tests of recombination
-
- dep: python3
- Інтерактивна обʼєктно-орієнтована мова високого рівня (типова версія „python3“)
-
- dep: python3-numpy
- Швидкі методи для роботи з числовими масивами для мови Python 3
-
- dep: raxml
- Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees
-
- rec: python3-dendropy
- DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)
Завантажити parsnp
| Архітектура | Розмір пакунка | Розмір після встановлення | Файли |
|---|---|---|---|
| armhf | 164.4 kB | 1,760.0 kB | [список файлів] |