Paket: canu (2.0+dfsg-1)

Länkar för canu

Debianresurser:

Hämta källkodspaketet canu:

Ansvarig:

Debian Med Packaging Team (QA-sida, E-postarkiv)

Externa resurser:

Hemsida [canu.readthedocs.org]

Liknande paket:

single molecule sequence assembler for genomes

Canu is a fork of the Celera Assembler, designed for high-noise single-molecule sequencing (such as the PacBio RS II or Oxford Nanopore MinION).

Canu is a hierarchical assembly pipeline which runs in four steps:

 * Detect overlaps in high-noise sequences using MHAP
 * Generate corrected sequence consensus
 * Trim corrected sequences
 * Assemble trimmed corrected sequences

Andra paket besläktade med canu

beror

rekommenderar

föreslår

enhances

dep: gnuplot

Command-line driven interactive plotting program.
också ett virtuellt paket som tillhandahålls av gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11
dep: libc6 (>= 2.29)

GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb
dep: libfilesys-df-perl

Module to obtain filesystem disk space information
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ej armel, armhf, i386, mipsel]

GCC stödbibliotek

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]
dep: libgomp1 (>= 6)

GCC OpenMP (GOMP) support library
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

GNU standardbibliotek v3 för C++
dep: mhap (>= 2.1.3)

locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps
dep: perl

Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

sug: nanopolish

consensus caller for nanopore sequencing data
sug: pbgenomicconsensus

Paketet inte tillgängligt

Hämta canu

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer
Arkitektur	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
amd64	1.226,6 kbyte	9.210,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	1.100,2 kbyte	8.667,0 kbyte	[filförteckning]
armel	1.075,7 kbyte	8.521,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	1.101,1 kbyte	6.673,0 kbyte	[filförteckning]
i386	1.352,2 kbyte	10.418,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	1.342,8 kbyte	12.314,0 kbyte	[filförteckning]
mipsel	1.386,0 kbyte	11.249,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	1.218,4 kbyte	12.366,0 kbyte	[filförteckning]
s390x	1.072,7 kbyte	9.029,0 kbyte	[filförteckning]