Balík: jellyfish (2.3.1-3 a iné)

Odkazy pre jellyfish

Zdroje Debian:

Stiahnuť zdrojový balík jellyfish:

Správcovia:

Externé zdroje:

Domovská stránka [www.genome.umd.edu]

Podobné balíky:

count k-mers in DNA sequences

JELLYFISH is a tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in DNA. A k-mer is a substring of length k, and counting the occurrences of all such substrings is a central step in many analyses of DNA sequence. JELLYFISH can count k-mers using an order of magnitude less memory and an order of magnitude faster than other k-mer counting packages by using an efficient encoding of a hash table and by exploiting the "compare-and-swap" CPU instruction to increase parallelism.

JELLYFISH is a command-line program that reads FASTA and multi-FASTA files containing DNA sequences. It outputs its k-mer counts in an binary format, which can be translated into a human-readable text format using the "jellyfish dump" command.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom jellyfish

závisí

odporúča

navrhuje

vylepšuje

dep: libc6 (>= 2.34)

knižnica GNU C - zdieľané knižnice
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

podporná knižnica GCC
dep: libhts3t64 (>= 1.17)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libjellyfish-2.0-2 (= 2.3.1-3+b4)

count k-mers in DNA sequences (dynamic library of jellyfish)
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

štandardná knižnica C++ GNU v3

Stiahnuť jellyfish

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry
Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
amd64	2.3.1-3+b4	775.6 kB	2,471.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	2.3.1-3+b4	694.0 kB	2,447.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	2.3.1-3+b4	654.5 kB	3,084.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	2.3.1-3+b4	734.7 kB	2,895.0 kB	[zoznam súborov]