Balík: ivar (1.4.2+dfsg-3 a iné)

Odkazy pre ivar

Zdroje Debian:

Stiahnuť zdrojový balík ivar:

Správcovia:

Externé zdroje:

Domovská stránka [github.com]

Podobné balíky:

functions broadly useful for viral amplicon-based sequencing

iVar is a computational package that contains functions broadly useful for viral amplicon-based sequencing. Additional tools for metagenomic sequencing are actively being incorporated into iVar. While each of these functions can be accomplished using existing tools, iVar contains an intersection of functionality from multiple tools that are required to call iSNVs and consensus sequences from viral sequencing data across multiple replicates. iVar provided the following functions:

 1. trimming of primers and low-quality bases,
 2. consensus calling,
 3. variant calling - both iSNVs and insertions/deletions, and
 4. identifying mismatches to primer sequences and excluding the
    corresponding reads from alignment files.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom ivar

závisí

odporúča

navrhuje

vylepšuje

dep: libc6 (>= 2.34) [nie sh4]

knižnica GNU C - zdieľané knižnice
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, x32]

podporná knižnica GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64, sh4, sparc64]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

podporná knižnica GCC
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

podporná knižnica GCC
dep: libhts3t64 (>= 1.17)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

štandardná knižnica C++ GNU v3
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [sparc64]

komprimačná knižnica - dynamická verzia

rec: samtools

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Stiahnuť ivar

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry
Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
amd64	1.4.2+dfsg-3+b1	222.5 kB	1,523.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	1.4.2+dfsg-3+b1	202.9 kB	1,487.0 kB	[zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port)	1.4.2+dfsg-3+b1	212.5 kB	1,480.0 kB	[zoznam súborov]
i386	1.4.2+dfsg-3+b1	233.1 kB	1,537.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	1.4.2+dfsg-3+b1	197.4 kB	1,473.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	1.4.2+dfsg-3+b1	211.6 kB	1,632.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	1.4.2+dfsg-3+b2	214.9 kB	1,419.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	1.4.2+dfsg-3+b1	223.7 kB	1,458.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	1.4.2+dfsg-3+b1	192.9 kB	2,195.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	1.4.2+dfsg-3+b1	222.6 kB	1,494.0 kB	[zoznam súborov]