Balík: bamtools (2.5.2+dfsg-6 a iné)

Odkazy pre bamtools

Zdroje Debian:

Stiahnuť zdrojový balík bamtools:

Správcovia:

Externé zdroje:

Domovská stránka [github.com]

Podobné balíky:

toolkit for manipulating BAM (genome alignment) files

BamTools facilitates research analysis and data management using BAM files. It copes with the enormous amount of data produced by current sequencing technologies that is typically stored in compressed, binary formats that are not easily handled by the text-based parsers commonly used in bioinformatics research.

BamTools provides both a C++ API for BAM file support as well as a command-line toolkit.

This is the bamtools command-line toolkit.

Available bamtools commands:

 convert  Converts between BAM and a number of other formats
 count    Prints number of alignments in BAM file(s)
 coverage Prints coverage statistics from the input BAM file
 filter   Filters BAM file(s) by user-specified criteria
 header   Prints BAM header information
 index    Generates index for BAM file
 merge    Merge multiple BAM files into single file
 random   Select random alignments from existing BAM file(s), intended more
          as a testing tool.
 resolve  Resolves paired-end reads (marking the IsProperPair flag as needed)
 revert   Removes duplicate marks and restores original base qualities
 sort     Sorts the BAM file according to some criteria
 split    Splits a BAM file on user-specified property, creating a new BAM
          output file for each value found
 stats    Prints some basic statistics from input BAM file(s)

Značky: Implementované v: C++, Role: Program

Ostatné balíky súvisiace s balíkom bamtools

závisí

odporúča

navrhuje

vylepšuje

dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)

dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files
dep: libc6 (>= 2.38) [nie alpha, ia64, sh4]

knižnica GNU C - zdieľané knižnice
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

knižnica GNU C - zdieľané knižnice
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

podporná knižnica GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

podporná knižnica GCC
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

podporná knižnica GCC
dep: libjsoncpp25 (>= 1.9.5) [ia64]

library for reading and writing JSON for C++
dep: libjsoncpp26 (>= 1.9.6) [nie ia64]

library for reading and writing JSON for C++
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

štandardná knižnica C++ GNU v3
dep: libunwind8 [ia64]

nnižnica na určenie na určenie postupnosti volania programu - dynamické súbory

Stiahnuť bamtools

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry
Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	2.5.2+dfsg-6+b1	176.8 kB	792.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	2.5.2+dfsg-6+b1	201.7 kB	690.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	2.5.2+dfsg-6+b1	168.9 kB	662.0 kB	[zoznam súborov]
armel	2.5.2+dfsg-6+b1	165.7 kB	569.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	2.5.2+dfsg-6+b1	173.5 kB	433.0 kB	[zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port)	2.5.2+dfsg-6+b1	180.1 kB	601.0 kB	[zoznam súborov]
i386	2.5.2+dfsg-6+b1	213.7 kB	717.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	2.5.2+dfsg-5	229.8 kB	1,188.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	2.5.2+dfsg-6+b1	155.1 kB	581.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	2.5.2+dfsg-6+b1	160.1 kB	752.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	2.5.2+dfsg-6+b1	188.7 kB	790.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	2.5.2+dfsg-6+b1	193.1 kB	790.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	2.5.2+dfsg-6+b1	189.6 kB	498.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	2.5.2+dfsg-6+b1	189.3 kB	666.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	2.5.2+dfsg-6+b1	194.4 kB	534.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	2.5.2+dfsg-6+b1	151.5 kB	1,052.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	2.5.2+dfsg-6+b1	201.1 kB	649.0 kB	[zoznam súborov]